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基于转录组剖析马先蒿属斗叶组物种划分与系统发育重建

一、引言

1.1研究背景与意义

马先蒿属（Pedicularis）作为列当科中最大的属，全球约有600-700种，其多样性极为丰富，在植物研究领域占据重要地位。约三分之二以上的马先蒿属种类集中分布于喜马拉雅—横断山区，该区域是马先蒿属的物种多样化中心和特有中心。东喜马拉雅—横断山区特有的斗叶组（Sect.Cyathophora），虽然仅有7个种（其中1个种存疑），却囊括了马先蒿属全部四种基本花冠类型，即短管无喙型、短管无喙有齿型、短管有喙型和长管有喙型。这一独特的花冠类型集合，使得斗叶组成为研究马先蒿属花冠演化和物种形成的绝佳模式类群。花冠形态在植物的繁殖过程中起着关键作用，其演化直接影响着植物与传粉者之间的相互作用，进而对物种的繁殖成功率和分布范围产生深远影响。因此，深入研究斗叶组对于揭示马先蒿属的进化历程和适应策略具有重要意义。

从生物多样性的角度来看，准确划分马先蒿属斗叶组物种，有助于我们更好地了解这一区域生物多样性的组成和分布规律。生物多样性是地球上生命经过几十亿年发展进化的结果，是人类赖以生存的物质基础。马先蒿属斗叶组物种在生态系统中扮演着独特的角色，它们与其他生物之间存在着复杂的相互关系，如与传粉者、寄主植物等的相互作用。对斗叶组物种的深入研究，能够为保护生物多样性提供科学依据，帮助我们制定更加有效的保护策略，维护生态系统的平衡和稳定。

1.2国内外研究现状

国外学者在马先蒿属的研究方面起步较早，早期主要集中在形态分类学研究，对马先蒿属的物种进行了大量的描述和分类工作。随着分子生物学技术的发展，国外开始运用分子标记对马先蒿属的系统发育关系进行研究，为属内的分类和演化研究提供了新的视角。例如，利用核基因ITS和叶绿体片段等分子标记，对马先蒿属部分类群的系统发育关系进行了重建，揭示了一些类群之间的亲缘关系。

在国内，钟补求于1948年开始对马先蒿属进行深入研究，通过标本观察、文献查阅以及野外调查等方式，在1955-1956年提出了马先蒿属的新系统，对该属植物的进化和迁移提出了新的见解，在世界上产生了重要影响。近年来，中国科学院昆明植物研究所的研究团队对马先蒿属斗叶组开展了一系列研究。郁文彬博士等人通过较高密度的取样，基于核基因ITS和四个叶绿体片段联合数据，运用贝叶斯推论（BI）、最大简约法（MP）和最大似然法（ML）重建斗叶组的系统发育关系，并利用SplitsTree进行网状进化分析。研究表明核基因ITS构建的系统树和网状结构图与传统分类具有较高的一致性；叶绿体联合分析显示四川分布的拟斗叶马先蒿（P.cyathophyllodies）两个居群的叶绿体基因组可能是从斗叶马先蒿（P.cyathophylla）的祖先中捕获而来，同时发现斗叶组中的大王系（seriesReges）系统关系极为复杂，推测可能是因不完全的谱系筛选、杂交或基因渐渗透所造成。

然而，当前研究仍存在一些不足和待解决问题。在物种划分方面，传统分类主要依据形态特征，但马先蒿属植物形态变异复杂，部分物种的形态界限模糊，导致一些物种的划分存在争议。在系统发育研究中，虽然分子系统学研究取得了一定进展，但由于取样的局限性，尤其是一些珍稀物种和分布范围狭窄物种的样本不足，使得构建的系统发育关系可能不够准确和全面。此外，对于斗叶组物种形成机制和生物地理学的研究还不够深入，需要进一步整合多学科的研究方法进行深入探究。

1.3研究目的与内容

本研究旨在运用现代生物学技术，准确划分马先蒿属斗叶组物种，并基于转录组数据重建其系统发育关系，为深入理解马先蒿属斗叶组的进化历程和生物多样性提供科学依据。主要研究内容包括：

马先蒿属斗叶组样本采集与转录组测序：在斗叶组物种分布区域进行广泛的样本采集，尽可能涵盖所有已知物种和不同地理居群。对采集的样本进行转录组测序，获取大量的基因序列数据。

基于转录组数据的物种划分：利用生物信息学方法对转录组数据进行分析，挖掘物种特异性分子标记。结合形态特征，运用聚类分析等方法，对斗叶组物种进行准确划分，解决传统分类中存在的争议。

系统发育关系重建：基于转录组数据筛选出的直系同源基因，构建系统发育树。运用多种系统发育分析方法，如最大似然法（ML）、贝叶斯推论（BI）等，重建斗叶组的系统发育关系，明确各物种之间的亲缘关系和演化分支。

进化分析：结合系统发育关系和地理分布信息，对斗叶组的进化历史进行分析。探讨物种形成机制，如地理隔离、杂交、基因渐渗等在斗叶组物种进化中的作用；分析花冠类型等形态特征的演化趋势，揭示其与环境适应和物种分化的关系。

1.4研究方法与技术路线

本研究采用的实验方法主要包括样本采集、总RNA提取、文库构建