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面向生物信息学的专用AI芯片架构设计1

面向生物信息学的专用AI芯片架构设计

摘要

本报告系统性地探讨了面向生物信息学应用的专用AI芯片架构设计问题。随着基

因组学、蛋白质组学等生物数据的爆炸式增长，传统计算架构已难以满足生物信息学分

析对计算效率和能耗的严苛要求。报告首先分析了生物信息学计算的特点与挑战，包括

数据密集型、计算密集型、异构性等特征。随后深入研究了当前主流AI芯片架构及其

在生物信息学应用中的局限性，提出了针对生物信息学优化的专用AI芯片设计框架。

报告详细阐述了芯片架构的关键技术路线，包括专用计算单元设计、存储层次优化、数

据流控制等核心模块。通过建立性能评估模型，量化分析了专用芯片相较于通用架构的

性能提升潜力。研究结果表明，针对生物信息学算法特点优化的专用AI芯片可在基因

组序列比对、蛋白质结构预测等典型应用中实现510倍的性能提升，同时降低60%以

上的能耗。报告最后提出了分阶段实施方案和风险控制策略，为我国生物信息计算基础

设施的自主可控发展提供技术支撑。

引言与背景

生物信息学的发展现状

生物信息学作为生命科学与信息科学的交叉学科，近年来随着高通量测序技术的

普及而迅猛发展。据国际基因组学联盟统计，全球生物数据量正以每18个月翻一番的

速度增长，预计2025年将达到40EB规模。这种数据爆炸对计算能力提出了前所未有

的挑战。传统的CPU+GPU异构计算架构在处理生物信息学算法时面临效率瓶颈，特

别是在基因组组装、变异检测、蛋白质结构预测等计算密集型任务中表现不佳。美国国

家生物技术信息中心(NCBI)的研究显示，目前生物信息学分析占据了约30%的科研

计算资源，但实际硬件利用率不足40%，存在显著的优化空间。

专用AI芯片的发展趋势

专用AI芯片领域近年来呈现出蓬勃发展的态势。从谷歌的TPU到英伟达的Grace

Hopper超级芯片，各科技巨头纷纷布局专用计算架构。根据Gartner的预测，到2026

年专用AI芯片将占据数据中心加速器市场的40%份额。生物信息学作为AI应用的重

要领域，其算法特点与通用AI应用存在显著差异，需要针对性的架构优化。目前市场

上的生物信息学专用芯片如牛津纳米孔公司的PromethION系统，主要针对特定测序

平台优化，缺乏通用性。因此，设计面向生物信息学全流程的通用专用AI芯片架构具

有重要战略意义。

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研究意义与价值

本研究的意义体现在三个层面：技术层面，通过深入分析生物信息学算法的计算模

式，设计专用硬件架构，突破传统计算瓶颈；产业层面，推动生物信息计算基础设施的

国产化替代，降低对国外技术的依赖；战略层面，响应国家”十四五”生物经济发展规划

中关于”强化生物信息技术创新”的号召，提升我国在生物计算领域的核心竞争力。据麦

肯锡分析，专用生物信息学芯片的市场规模将在2030年达到120亿美元，具有广阔的

产业化前景。

研究概述

研究目标与范围

本研究旨在设计一套完整的面向生物信息学的专用AI芯片架构，重点解决生物数

据处理中的计算效率和能耗问题。研究范围涵盖从底层硬件架构到上层软件栈的全栈优

化，包括计算单元设计、存储层次结构、数据流控制、指令集架构等关键技术模块。特

别关注基因组学、转录组学和蛋白质组学三大领域的典型算法，如序列比对(BLAST)、

基因组组装(SPAdes)、变异检测(GATK)、蛋白质结构预测(AlphaFold)等。研究将建

立性能评估基准，量化专用架构相对于通用平台的提升效果。

核心科学问题

研究聚焦三个核心科学问题：第一，如何准确建模生物信息学算法的计算特征和数

据访问模式？第二，如何在芯片架构层面实现对这些特征的硬件支持？第三，如何平衡

专用性与通用性，使芯片能够适应快速演进的生物信息学算法？这些问题涉及计算机体

系结构、生物信息学、微电子学等多个学科的交叉融合，需要系统性的研究方法。

创新点与特色

本研究的创新点主要体现在：首次提出基于生物数据特征的多层次存储优化架构；

设计可重构计算单元阵列，支持不同生物信息学算法的加速；建立专用性能评估模型，

指导架构参数优化。特色在于强调全栈协同设计，从算