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肿瘤微环境空间转录组图谱绘制与免疫治疗响应预测1

肿瘤微环境空间转录组图谱绘制与免疫治疗响应预测

摘要

肿瘤微环境（TumorMicroenvironment,TME）是影响肿瘤发生发展、转移及治疗

响应的关键因素。空间转录组学作为新兴的高通量测序技术，能够在保留组织空间结构

信息的同时解析基因表达谱，为深入理解TME的细胞组成、空间分布及相互作用提供

了前所未有的机会。本报告系统阐述了肿瘤微环境空间转录组图谱绘制与免疫治疗响

应预测的研究方案，包括技术路线、研究方法、实施方案及预期成果等。通过整合多组

学数据和人工智能算法，本项目旨在构建高分辨率的肿瘤微环境空间图谱，建立免疫治

疗响应预测模型，为精准肿瘤学提供新的理论依据和技术支撑。研究将覆盖肺癌、结直

肠癌和乳腺癌三种高发肿瘤类型，预计采集500例临床样本，生成超过2,000个空间转

录组数据点。通过深度学习模型分析，有望将免疫治疗响应预测准确率提升至85%以

上，显著优于现有临床预测方法。

引言与背景

肿瘤微环境研究的重要性

肿瘤微环境是指肿瘤细胞周围的细胞成分和非细胞成分组成的复杂生态系统，包

括免疫细胞、成纤维细胞、血管内皮细胞、细胞外基质以及各种信号分子等。研究表明，

TME不仅影响肿瘤的生长和转移，还直接决定了抗肿瘤治疗的效果。特别是免疫检查

点抑制剂（ImmuneCheckpointInhibitors,ICIs）的出现，彻底改变了多种肿瘤的治疗

格局，但其响应率在不同癌种中差异显著，从15%到60%不等。深入理解TME的组

成和功能状态，对于提高免疫治疗效果具有重要意义。传统bulkRNA测序技术虽然能

够提供基因表达信息，但无法保留空间位置信息，而空间转录组学技术的出现弥补了这

一缺陷，使得研究者能够在原位解析基因表达模式。

空间转录组学技术发展现状

空间转录组学技术自2016年首次被Science杂志评为年度突破以来，经历了快速

发展。目前主流技术平台包括10xGenomicsVisium、NanoStringGeoMx、SlideseqV2

和Stereoseq等，其分辨率从几十微米到亚微米不等，检测通量从数百到数万个基因。根

据2023年NatureBiotechnology发表的技术评估报告，最新一代空间转录组平台已经

能够实现单细胞分辨率的全转录组检测，检测灵敏度达到传统单细胞RNA测序的80%

以上。在肿瘤研究应用方面，已有研究表明空间转录组数据能够识别传统方法难以发现

的肿瘤免疫微环境亚型，如”免疫排斥型”、“炎症型”和”沙漠型”等，这些亚型与免疫治疗

响应密切相关。

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免疫治疗响应预测的临床需求

尽管免疫检查点抑制剂在多种肿瘤中显示出持久疗效，但仍有大量患者无法获益。

目前临床常用的生物标志物如PDL1表达、肿瘤突变负荷（TMB）和微卫星不稳定性

（MSI）等，其预测准确性有限。2022年LancetOncology发表的多中心研究显示，仅

PDL1表达预测免疫治疗响应的AUC值约为0.65，远未达到临床决策要求。空间转录

组学通过提供细胞空间位置信息和基因表达谱的整合数据，有望发现更精准的预测标

志物。例如，近期研究发现CD8+T细胞与肿瘤细胞的空间距离小于10微米时，免疫

治疗响应率显著提高（OR=3.2,p85%），细胞类型鉴定准确率（90%）

科学指标：发表高水平论文58篇（影响因子10），申请专利35项

临床指标：预测模型AUC值（0.85），敏感性和特异性（80%）

转化指标：开发软件工具1套，完成医疗器械注册申报

技术路线与方法体系

空间转录组数据采集技术

本研究将采用多技术平台整合策略，根据不同研究需求选择合适的技术方案。对于

大规模队列研究，主要使用10xGenomicsVisium平台，其优势在于成熟度高、通量大、

成本相对可控。具体流程包括：（1）样本获取：手术切除后30分钟内进行组织分割，每

块组织大小约6mm×6mm；（2）冷冻处理：液氮速冻后80℃保存；（3）切片与染色：

10微米厚切片，HE染色后扫描；（4）透化与文库构建：优化透化时间（通常1218分

钟