探究RDV侵染下水稻miRNA转录谱变化及核仁基因定量分析.docxVIP

探究RDV侵染下水稻miRNA转录谱变化及核仁基因定量分析

一、引言

1.1研究背景与意义

水稻（OryzasativaL.）作为全球最重要的粮食作物之一，为超过半数的世界人口提供主食。在我国，水稻的种植历史源远流长，种植区域广泛分布，从南方的热带、亚热带地区到北方的温带地区均有种植，其播种面积和产量在粮食作物中占据重要地位，对保障国家粮食安全起着不可替代的作用。水稻不仅是人们日常饮食的主要能量来源，还在食品加工、饲料生产等领域有着广泛应用，在国民经济和社会稳定中扮演着关键角色。

水稻矮缩病毒（Ricedwarfvirus，RDV）是呼肠孤病毒科（Reoviridae）植物呼肠孤病毒属（Phytoreovirus）的典型成员，主要通过黑尾叶蝉、二点叶蝉和电光叶蝉等持久性方式传播。RDV侵染水稻后，会引发一系列严重症状，包括植株矮缩、分蘖增多、叶片变短且僵直、叶色浓绿、叶鞘上出现黄白色虚线状条点等。这些症状严重影响水稻的正常生长发育，导致光合作用受阻、养分吸收和运输紊乱，最终造成大幅减产，甚至绝收，给水稻种植业带来巨大的经济损失。在亚洲多个水稻种植国家和地区，如中国、日本、韩国、印度等，RDV引发的水稻矮缩病频繁爆发，严重威胁着当地的粮食安全和农业可持续发展。

微小核糖核酸（microRNA，miRNA）是一类长度约为20-24核苷酸的内源性非编码小分子RNA，在植物生长发育、激素信号传导、胁迫响应等过程中发挥着关键的调控作用。在植物与病毒互作过程中，miRNA介导的基因沉默机制是植物抵御病毒入侵的重要免疫防线之一。一方面，植物自身的miRNA可以通过识别并切割病毒的靶标基因转录本，抑制病毒的复制和传播；另一方面，病毒为了逃避植物的免疫防御，也会编码一些病毒衍生的siRNA（vsiRNA）或通过干扰植物内源miRNA的表达和功能，来抑制植物的抗病毒反应，从而建立侵染。因此，深入研究RDV侵染后水稻miRNA转录谱的变化，有助于揭示水稻与RDV互作的分子机制，为解析植物抗病毒防御机制和病毒致病机理提供新的视角。

核仁是真核细胞中非常重要的亚细胞器，主要负责核糖体RNA（rRNA）的合成、加工以及核糖体亚基的组装。核仁中包含众多与rRNA转录、加工和核糖体组装相关的基因，这些基因的表达和功能异常会直接影响核糖体的生物发生，进而影响细胞的蛋白质合成能力和生理功能。在植物受到病毒侵染时，病毒的复制和传播需要消耗大量的细胞资源，包括核糖体等蛋白质合成机器，这可能会对核仁的结构和功能以及核仁相关基因的表达产生影响。然而，目前关于RDV侵染对水稻核仁基因表达的影响尚不清楚。研究RDV侵染后水稻核仁基因的定量变化，对于深入了解病毒侵染对水稻细胞生理功能的影响以及水稻的抗病毒机制具有重要意义。

本研究旨在通过高通量测序技术构建RDV侵染后水稻miRNA转录谱，系统分析miRNA的表达变化，并进一步研究这些差异表达miRNA的靶基因及其参与的生物学途径；同时，运用实时荧光定量PCR等技术对两个核仁基因的表达水平进行定量分析，探究它们在RDV侵染过程中的表达模式和潜在作用。这不仅有助于深入揭示水稻与RDV互作的分子机制，为水稻抗病毒育种提供理论依据，还能为开发新的水稻病害防控策略提供重要的科学基础，对于保障水稻安全生产和全球粮食安全具有重要的现实意义。

1.2国内外研究现状

在水稻矮缩病毒（RDV）的研究方面，国内外学者已取得了一系列重要成果。在病毒的结构与基因组研究上，已明确RDV粒子呈二十面体对称结构，由双层衣壳蛋白组成，其基因组由12条双链RNA（dsRNA）片段组成，每个片段都编码特定的蛋白，这些蛋白在病毒的侵染、复制、传播等过程中发挥着关键作用。在病毒的传播与致病机制研究中，发现RDV主要通过叶蝉以持久增殖型方式传播，病毒进入水稻细胞后，会利用自身编码的蛋白与水稻细胞内的因子相互作用，干扰水稻的正常生理代谢过程，从而导致水稻出现矮缩、叶片畸形等症状。此外，在病害的防治方面，目前主要采取农业防治、化学防治和生物防治相结合的综合防治策略，如选育抗病品种、合理密植、化学药剂防治叶蝉媒介以及利用天敌昆虫等生物防治手段来控制病害的发生和传播。

关于水稻miRNA的研究，近年来也取得了长足的进展。通过高通量测序和生物信息学分析，已鉴定出大量的水稻miRNA，并对它们在水稻生长发育过程中的功能进行了深入研究，包括调控水稻的株型、分蘖、开花、灌浆等重要农艺性状。在水稻与病原菌互作方面，研究发现miRNA在水稻抵御真菌、细菌和病毒等病原菌侵染过程中发挥着重要的调控作用。例如，一些miRNA可以通过靶向调控水稻