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酵母基因组蛋白质相互作用网络：构建策略与动态分解机制探究

一、引言

1.1研究背景

蛋白质相互作用网络在细胞活动中起着核心作用，它涵盖了细胞内蛋白质之间的物理接触和功能性关联，包括酶催化的化学反应、信号传递路径中的接合与分离以及蛋白质复合物的形成等，是细胞功能的重要分子基础。细胞内的各种生命过程，如基因表达调控、代谢途径、信号传导等，都依赖于蛋白质之间的相互作用。这些相互作用形成了一个复杂而有序的网络，确保细胞能够正常执行其生理功能。例如，在信号传导过程中，蛋白质相互作用网络能够将细胞外的信号传递到细胞内，触发一系列的生化反应，从而调节细胞的生长、分化、凋亡等基本生命过程。在代谢途径中，不同的酶蛋白通过相互作用协同工作，完成物质的合成与分解，维持细胞的能量平衡和物质代谢。

酵母作为一种单细胞真核生物，在蛋白质相互作用网络研究领域具有独特优势。酵母基因组较小，约为12Mb，基因数目相对较少，初步拟定了5885个编码蛋白质的基因、140个rRNA基因和275个tRNA基因，这使得研究人员能够更方便地对其基因组进行全面的研究和分析。酵母具有与高等真核生物相似的细胞结构和生物学过程，如具有独立的细胞核、多条线性染色体包装成染色质、细胞质包含了全部的细胞器（如线粒体）和具有细胞骨架结构（如肌动纤维蛋白）等，但其生长和繁殖速度却与原核生物类似，在理想条件下，每次细胞分裂大约只需90分钟，能够从单个细胞快速繁殖成克隆群体，这为大规模实验研究提供了便利。酵母在单倍体和二倍体的状态下均能生长，并能在实验条件下较为方便地控制单倍体和二倍体之间的相互转换，这种转换是通过交配（单倍体到双倍体）和孢子生成（双倍体到单倍体）来实现的，这对研究基因功能十分有利。例如，要研究一个特定基因是否是细胞生长所必需的，可以在单倍体里敲除这个基因，单倍体细胞只能承受非必需基因的敲除，从而可以直观地判断该基因的功能。酵母中容易对其基因组做精确的人为突变，当把末端与基因组的任何一个特定区域同源的线性DNA引入到酵母细胞中，酵母基因组就会发生非常高的同源重组，导致目标染色体序列被所用的目标染色体片段所取代，如精确地删除整个基因的编码区、变化单个特定的密码子，甚至变化启动子中一个特定的碱基对，这使得研究基因或其调控序列的功能等具体问题变得比较容易。

1.2研究目的与意义

本研究旨在构建酵母基因组蛋白质相互作用网络，并对其进行动态分解研究。通过综合运用实验技术和生物信息学方法，全面、准确地绘制酵母蛋白质相互作用图谱，深入分析网络的拓扑结构和动态变化规律。具体目标包括：利用高通量实验技术，如酵母双杂交、质谱分析等，获取大量的蛋白质相互作用数据；运用生物信息学算法和工具，对实验数据进行整合、分析和验证，构建高质量的酵母蛋白质相互作用网络；采用动态网络分析方法，研究蛋白质相互作用网络在不同生理条件下（如细胞周期、环境胁迫等）的动态变化，揭示其动态调控机制。

构建酵母基因组蛋白质相互作用网络及进行动态分解研究具有重要的理论和实际意义。从理论层面来看，这有助于深入理解生命活动的本质和细胞调控机制。蛋白质相互作用网络是细胞内各种生命过程的分子基础，通过研究酵母这一模式生物的蛋白质相互作用网络，可以揭示蛋白质之间的功能关联和协同工作机制，为解释细胞的生长、发育、分化等基本生命现象提供重要线索。在细胞周期调控中，通过分析蛋白质相互作用网络的动态变化，可以了解不同蛋白质在细胞周期各个阶段的作用和相互关系，从而深入揭示细胞周期调控的分子机制。从实际应用角度出发，该研究对疾病机制的揭示和药物研发具有重要价值。许多人类疾病的发生发展与蛋白质相互作用网络的异常密切相关，酵母作为一种简单的真核生物模型，其蛋白质相互作用网络的研究成果可以为人类疾病的研究提供参考和借鉴。通过比较酵母和人类蛋白质相互作用网络的相似性和差异性，可以发现潜在的疾病相关蛋白和作用机制，为疾病的诊断和治疗提供新的靶点和思路。在药物研发方面，基于蛋白质相互作用网络的研究可以帮助筛选和设计更加有效的药物，提高药物研发的效率和成功率。通过识别与疾病相关的关键蛋白质和相互作用节点，可以开发针对性的药物，干扰异常的蛋白质相互作用，从而达到治疗疾病的目的。

1.3国内外研究现状

在酵母基因组蛋白质相互作用网络构建方面，国内外学者已经取得了一系列重要成果。实验技术上，酵母双杂交技术自1989年由Fields和Song提出以来，已成为研究蛋白质相互作用的经典方法。该技术利用酵母细胞作为活体反应器，通过转录激活因子模块化特性检测蛋白质间的相互作用。最初的系统仅包含一个报告基因，容易出现假阳性结果，随后发展的双报告基因系统大大提高了筛选的可靠性。近年来，基于荧光蛋白的新型报告系统和自动化筛选平台的引