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生物信息分析师考试试卷
一、单项选择题(共10题,每题1分,共10分)
生物信息学的核心任务是?
A.开发生物数据存储系统
B.设计高效的生物数据分析算法
C.整合多源生物数据并揭示生物学规律
D.构建标准化生物数据库
答案:C
解析:生物信息学的核心是通过计算手段整合基因组、转录组等多维度数据,挖掘隐藏的生物学规律(如基因功能、疾病机制)。A、B、D均为支撑性任务,非核心目标。
以下工具中,专门用于序列相似性搜索的是?
A.BWA
B.BLAST
C.StringTie
D.GATK
答案:B
解析:BLAST(基本局部比对搜索工具)是经典的序列相似性搜索工具,用于同源基因或功能域的识别。A(BWA)用于短读长序列比对,C(StringTie)用于转录本组装,D(GATK)用于变异检测。
GenBank数据库的主要存储内容是?
A.蛋白质三维结构
B.核酸序列及注释信息
C.基因表达谱数据
D.文献摘要
答案:B
解析:GenBank是NCBI维护的核酸序列数据库,包含DNA/RNA序列及其注释(如基因位置、物种来源)。A对应PDB数据库,C对应GEO数据库,D对应PubMed。
FASTQ格式文件中,每行的第四部分表示?
A.测序深度
B.碱基质量值
C.GC含量
D.比对率
答案:B
解析:FASTQ格式四行一组,第四行为Phred质量值(通过ASCII字符编码),反映对应碱基的测序错误概率。A(测序深度)需通过比对后统计,C(GC含量)是序列组成特征,D(比对率)是数据质控指标。
GATK(GenomeAnalysisToolkit)的主要应用场景是?
A.基因组从头组装
B.RNA-seq差异表达分析
C.变异(SNP/Indel)检测与过滤
D.蛋白质结构预测
答案:C
解析:GATK是Broad研究所开发的变异检测工具集,广泛用于全基因组/外显子测序数据的SNP和小插入缺失(Indel)分析。A常用SOAPdenovo,B常用DESeq2,D常用AlphaFold。
RNA-seq数据中,用于差异表达基因分析的主流软件是?
A.BWA
B.DESeq2
C.ClustalW
D.HMMER
答案:B
解析:DESeq2基于负二项分布模型,专门处理RNA-seq计数数据的标准化与差异分析。A(BWA)用于比对,C(ClustalW)用于多序列比对,D(HMMER)用于隐马尔可夫模型搜索。
KEGG数据库的核心功能是?
A.蛋白质-蛋白质相互作用预测
B.基因功能富集与代谢通路分析
C.基因组序列比对
D.单细胞数据降维
答案:B
解析:KEGG(京都基因与基因组百科全书)整合了代谢通路、疾病通路等功能模块,是功能富集分析的核心数据库。A对应STRING数据库,C对应BLAST,D对应UMAP。
构建系统发育树时,邻接法(Neighbor-Joining)属于?
A.序列比对算法
B.距离矩阵法
C.最大似然法
D.贝叶斯推断法
答案:B
解析:邻接法通过计算序列间的进化距离构建树,属于距离矩阵法。A(序列比对)是预处理步骤,C(最大似然)基于概率模型,D(贝叶斯)基于后验概率。
单细胞测序中,UMI(唯一分子标识符)的主要作用是?
A.提高测序读长
B.去除PCR扩增偏差
C.增强细胞分群分辨率
D.减少测序错误
答案:B
解析:UMI是随机短序列标签,用于标记原始RNA分子,可区分同一分子的不同扩增产物,从而校正PCR扩增导致的计数偏差。A(读长)由测序技术决定,C(分群)依赖降维聚类,D(错误)需通过质量过滤处理。
机器学习在生物信息学中的典型应用是?
A.原始测序数据的碱基识别(BaseCalling)
B.蛋白质三维结构预测(如AlphaFold)
C.测序仪运行参数设置
D.生物数据库的日常维护
答案:B
解析:AlphaFold通过深度学习(如注意力机制)预测蛋白质结构,是机器学习在生信中的标志性应用。A(碱基识别)依赖测序仪内置算法,C(参数设置)是人工经验,D(数据库维护)是信息管理任务。
二、多项选择题(共10题,每题2分,共20分)
以下属于NGS数据质控常用工具的是?
A.FastQC
B.Trimmomatic
C.BWA
D.GATK
答案:AB
解析:FastQC用于原始数据质量评估(如PHRED分数、GC分布),Trimmomatic用于接头修剪和低质量序列过滤。C(BWA)是比对工具,D(GATK)是变异检测工具。
适用于三代长读长测序数据组装的软件有?
A.SOAPdenovo
B.Canu
C.Flye
D.Bowtie2
答案:BC
解析:Canu和Flye专门针对PacBio
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