Bioedit使用说明书课件.ppt

综合序列分析软件BioEdit;BioEdit简介;序列的常规操作：;BLAST;主要内容;一、绘制质粒图（Plasminddrawing）;;1.Restrictionsites:(限制性位点);想要显示图谱中的限制性内切酶，从右边(“DontShow”中)选择任何想要的酶，用按钮将它们移动到左边。按下“ApplyClose”时，这个位点就会增加到图谱中。指定的酶如果只有一个酶切位点,就会在酶切位点上出现一个“U”。如果没有“U”，将会显示第一个酶切位点。想要移动图谱中酶的位置，在“Show”中增加选择的酶的亮度，按下按钮将它们移动另一边。;2.Positionalmarks(位置标记):

点击“Vector”菜单中的“PositionalMarks”选项，可以出现以下对话框：

?

可以通过移动位置标记到“Show”中，单独增加位置标记，或者设定应用的分割标记数量。想要没有标记，选择“Divideinto:”中的下拉菜单顶端的“None”。;3.Features(特征):

想要增加一个特征，如抗生素抵抗标记，从“Vector”菜单选择“AddFeature”。将显示以下对话框：

选择的类型是“NormalArrow”、“WideArrow”、“NormalBox”和、“WideBox”。在上面例子中的所有特征是“常规”宽度的。如果特征是一个箭头，箭头的方向将是从起点位置到终点位置。

增加特征或酶时，他们各自的标记增加在外面，中心是可能的尺寸。标记可以被选择工具选择、移动、编辑和缩放。;4.GeneralVectorproperties;可以通过指定起点和末端位置，来增加多接头按钮。多接头显示为“CourierNew”字体。

在这个对话框中，特征可以被编辑、增加或者删除。想要编辑或删除一个现存的特征，在“Features”下拉式菜单中选择特征，并点击合适的按钮。点击“AddNew”按钮，可以增加一个新的特征。

现在只有一个圆形、单链质粒是有效的。在以后的版本中中将会改进。

“Font”按钮改变指示的默认字体。特征标记的字体将可以单独改变，但是位置标记不能单独改变。;二、RestrictionMaps(限制性内切酶图);;2.BioEdit:点亮你想要图谱的序列标题，从“Sequence”菜单选择“RestrictionMap”。以下选项将会显示在一个界面窗口：;;3.RestrictionEnzymeBrowser(限??性内切酶浏览器);在这个例子中，所有来源于Stratagene的限制性内切酶显示在左边的列表中，KpnI的亮度增加。KpnI的识别序列显示在顶端，同裂酶显示在它的下方，其他提供KpnI的公司显示在同裂酶的下方。BioEdit使用ReBase提供的gcgenz表，限制性内切酶数据在万维网的地址是：/rebase/。可以从ReBase下载最新的gcgenz表，将其命名为“enzyme.tab”，并且替代在BioEdit安装文件夹中“tables”目录下的旧文件。

注意：表必须是gcgenz格式的。你可以从tables文件夹中打开“enzyme.tab”文件查看格式，或者查看“RestrictionMaps”。限制性内切酶表格文件名必须是“enzyme.tab”，而且必须在BioEdit的“tables”文件夹里。;1.氨基酸的组成;;2.熵图;3.疏水性轮廓(profile);4.瞬间疏水性轮廓(hydrophobicmomentprofile);5.平均瞬间疏水性轮廓;6.在联配中搜寻保守区;BioEditversion5.0.9

Conservedregionsearch

Alignmentfile:Q:\Ribosomal_RNA\some_methanos.bio

5/10/048:57:33PM

?

Minimumsegmentlength(actualforeachsequence):15

Maximumaverageentropy:0.2

Maximumentropyperposition:0.2

Gapslimitedto2persegment

Contiguousgapslimitedto1inanysegment

?

2conservedregionsfound

?

Region1:Position755to774

Consensus:

755AUUAGAUACCCGGGUAGUCC774;Segment