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目录
•Cytoscape插件介绍
•文本挖掘：AgilentLiteratureSearch
•GO分析：binGO
Cytoscape插件
•Cytoscape最基础功能只是一个网络数据图形化的工具
•但来自不同开发者的插件，让其变成很强大的工具。
Cytoscape有专门的应用商店（当然是免费的）
目录
•Cytoscape插件介绍
•文献：AgilentLiteratureSearch
•KEGGpathway导入:KEGGScape
•GO分析：binGO
AgilentLiteratureSearch介绍
•方法：属于Textmining（文本挖掘）的方法；
•Textmining：软件自动扫描文本中的内容，提取有
效的信息，是一种用于大数据挖掘的信息处理技术。
•这个插件中的Textming过程:
1）你名称和相关的关键字限制；
2）软件自动去数据库，如PubMed，检索文献；
3）软件文献，从中提取关键句子，推测间的关系；
4）软件将推测出的相互作用关系输出，供用户修改；
简而言之：如果在读文献方面，你感到头疼，这是个
。
学习的目标
1）利用AgilentLiteratureSearch从文献搜索
中建立putative分子间联系的相互作用网络；
2）研究插件建立的联系，删除自己认为不靠谱的；
3）利用上下文信息改进搜索；
练习步骤
1）安装插件；
2）设置参数和关键字，进行检索；
3）查看、修改、优化检索结果；
1）安装插件
•点击：Apps→AppManager
•可以选择“online”安装，或本地安装（Install
fromfile）。考虑网速的问题，建议培训相关的
APP从本地安装。
2）设置参数和检索
•从APPS窗口，点击APP启动
•同意协议后，跳出检索设置窗口。
2）窗口功能介绍
•Terms:关键字，一般为名称；
•Context：感的相关背景
•SearchControl：检索条件控制；
•ExtractionControl：互作信息提取的限
制；
•QueryEditor：展示检索条件的；
•QueryMatches：展示所有检索到的文献信
息；
备注:可以点击help，找到插件的帮助文档；
2）Term窗口
•建议：
1）一行一个。
2）如果名称由多个
单词构成，建议使用引号。
例如，acatenin
2）context
•设定你搜索的感的背景。
•背景可以是物种、疾病类型、性状等。
2）检索条件限制
•MaxEngineMatches：限定每个关键字
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