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基因数据解读师考试试卷
一、单项选择题(共10题,每题1分,共10分)
以下哪种测序技术基于“边合成边测序”原理?
A.IonTorrent半导体测序
B.IlluminaHiSeq测序
C.PacBio单分子实时测序
D.OxfordNanopore纳米孔测序
答案:B
解析:Illumina测序技术核心是桥式PCR扩增结合荧光标记的dNTP边合成边测序(SBS);A选项IonTorrent通过检测H+离子释放(半导体测序);C选项PacBio利用零模波导孔(ZMW)实现单分子实时测序;D选项Nanopore通过纳米孔电流变化识别碱基。
以下哪类变异属于小变异(SmallVariant)?
A.拷贝数变异(CNV)
B.插入缺失(Indel)
C.染色体易位(Translocation)
D.单亲二倍体(UPD)
答案:B
解析:小变异通常指长度50bp的变异,包括单核苷酸变异(SNV)和插入缺失(Indel);A、C、D均为结构变异(SV)或染色体水平异常。
以下哪个数据库主要用于存储人类基因变异的临床意义?
A.dbSNP
B.gnomAD
C.ClinVar
D.ExAC
答案:C
解析:ClinVar由NCBI维护,专门收录变异的临床意义(致病/可能致病等);dbSNP是变异位点数据库(不涉及致病性),gnomAD和ExAC是人群变异频率数据库。
基因数据质量控制中,Q30表示:
A.测序错误率≤0.1%的碱基比例
B.比对到参考基因组的reads比例
C.目标区域覆盖深度≥30X的比例
D.变异位点的杂合子比例
答案:A
解析:Q30指测序质量值≥30的碱基占比,对应错误率≤0.1%(Q值=-10log10(错误率));B是比对率,C是覆盖度,D是杂合率。
以下哪个工具常用于基因变异的功能注释?
A.GATK
B.ANNOVAR
C.BWA
D.Samtools
答案:B
解析:ANNOVAR是经典的变异注释工具,可注释功能影响(如外显子/内含子)、人群频率(如gnomAD)、临床意义(如ClinVar);GATK用于变异检测,BWA用于序列比对,Samtools用于BAM文件操作。
连锁不平衡(LD)通常用以下哪个指标衡量?
A.r2
B.Fst
C.PCA
D.Hardy-Weinberg平衡
答案:A
解析:连锁不平衡程度常用r2(平方相关系数)或D’表示;Fst衡量群体分化,PCA用于群体结构分析,Hardy-Weinberg平衡检测基因型频率是否符合预期。
符合孟德尔遗传定律的变异通常表现为:
A.散发的新发突变
B.亲代与子代共分离
C.群体频率1%
D.仅影响体细胞
答案:B
解析:孟德尔遗传强调变异在亲代与子代间的传递规律(如常显/常隐/X连锁),共分离是关键特征;A是新发突变(非遗传),C是常见变异(与遗传模式无关),D是体细胞变异(不遗传)。
群体分层(PopulationStratification)主要影响以下哪种分析?
A.家系连锁分析
B.全基因组关联研究(GWAS)
C.肿瘤体细胞突变检测
D.单基因病致病突变验证
答案:B
解析:群体分层指研究群体中存在不同遗传背景的亚群,可能导致假阳性关联(如某变异在亚群中频率高且与表型相关);家系分析(A)、肿瘤分析(C)、单基因病验证(D)受影响较小。
以下哪个数据库专注于基因功能的实验验证证据?
A.UniProt
B.Ensembl
C.OMIM
D.GeneOntology(GO)
答案:D
解析:GO数据库通过分子功能(MF)、细胞组分(CC)、生物学过程(BP)注释基因功能,基于实验证据;UniProt是蛋白质序列数据库,Ensembl是基因组注释数据库,OMIM是疾病-基因关联数据库。
外显子组测序(WES)的主要优势是:
A.覆盖全基因组所有区域
B.成本低于全基因组测序(WGS)
C.检测结构变异更敏感
D.无需参考基因组
答案:B
解析:WES通过捕获外显子区域(约1-2%基因组)降低测序成本,适用于单基因病研究;A是WGS的特点,C是WGS或芯片的优势,D需参考基因组设计捕获探针。
二、多项选择题(共10题,每题2分,共20分)
以下属于NGS原始数据质量控制(QC)的关键指标有:
A.Q30比例
B.GC含量分布
C.比对率(MappingRate)
D.插入片段长度(InsertSize)
答案:ABD
解析:原始数据QC(测序后、比对前)关注测序质量(Q30)、序列组成(GC含量偏差)、插入片段长度(文库构建质量);比对率(C)属于比对后QC指标。
以下哪些数据库可用于查询基因变异的人群频率?
A.gnom
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