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2026年生物科技行业数据科学家面试问题集

一、统计学与机器学习基础（3题，每题10分，共30分）

1.题目：假设你正在分析某生物制药公司新药临床试验数据，其中包含年龄、性别、剂量、疗效评分等变量。请简述如何选择合适的统计模型来评估剂量与疗效之间的关系，并说明可能遇到的挑战及应对策略。

2.题目：在生物标记物预测任务中，解释过拟合（Overfitting）和欠拟合（Underfitting）的概念，并结合实际案例说明如何通过交叉验证（Cross-Validation）和正则化（Regularization）技术来缓解这些问题。

3.题目：给定一组基因表达数据，如何使用聚类分析（Clustering）或分类算法（如SVM）来识别潜在的疾病亚型？请描述至少两种方法，并比较其优缺点。

答案与解析

1.答案：

-模型选择：

-线性回归：若剂量与疗效呈线性关系，可直接使用简单线性回归。

-广义线性模型（GLM）：若疗效评分为分类变量（如有效/无效），可使用Logistic回归。

-非线性模型：若关系复杂，可尝试多项式回归或树模型（如RandomForest）。

-挑战与应对：

-多重共线性：变量间高度相关（如年龄与剂量），可通过方差膨胀因子（VIF）检测并剔除冗余变量。

-数据稀疏性：生物实验样本有限，可使用数据增强（如SMOTE）或迁移学习。

2.答案：

-过拟合：模型对训练数据拟合过度，泛化能力差（如过拟合基因标记物导致假阳性率高）。

-欠拟合：模型过于简单，未能捕捉数据规律（如线性模型拟合非线性基因表达关系）。

-缓解策略：

-交叉验证：K折交叉验证可评估模型稳定性，如使用10折CV检测过拟合。

-正则化：L1（Lasso）压缩系数，剔除不重要特征；L2（Ridge）平滑系数，避免剧烈波动。

3.答案：

-聚类方法：

-K-Means：基于距离划分亚型，需预设聚类数k（如k=3识别3种亚型）。

-层次聚类：无需预设k值，适用于小规模数据，但计算成本高。

-分类方法：

-SVM：适用于高维基因数据，核函数（如RBF）可处理非线性关系。

-优缺点：

-K-Means：简单但敏感于初始点；层次聚类灵活但内存消耗大。

-SVM：泛化强，但需调整超参数（如C值）。

二、生物数据处理与分析（4题，每题12分，共48分）

1.题目：某生物科技公司收集了10,000个肿瘤样本的RNA-Seq数据，其中包含缺失值和异常值。请设计一个数据清洗流程，并说明如何评估清洗效果。

2.题目：在药物筛选任务中，如何使用生物信息学工具（如GEO数据库、TCGA）获取并整合多组学数据（基因、蛋白、代谢物）？请举例说明数据整合的常见挑战及解决方案。

3.题目：给定一份临床试验的生存分析数据（包含生存时间、事件发生状态），如何构建Cox比例风险模型？请解释风险比（HazardRatio）的含义，并说明如何验证模型假设。

4.题目：如何通过Python（如Pandas、Scikit-learn）实现一个简单的特征工程流程，用于生物标记物发现？请包括特征标准化、缺失值填充、交互特征生成等步骤。

答案与解析

1.答案：

-数据清洗流程：

-缺失值处理：均值/中位数填充（若缺失不多）；KNN填充（基因表达数据常用）；多重插补（MICE）。

-异常值检测：箱线图识别离群点；基于Z-score（如|z|3）剔除。

-数据标准化：使用MinMaxScaler或Z-score标准化，避免尺度差异影响模型。

-评估方法：

-完整性：检查清洗后数据量（如缺失率低于5%）。

-一致性：通过热图或PCA可视化检查数据分布是否合理。

2.答案：

-数据获取：

-GEO：下载GSE数据集（如GSE12345）；使用Bioconductor工具包（如`getGEO`函数）。

-TCGA：通过TCGAAPI下载癌症基因突变数据。

-整合挑战：

-数据异构性：基因表达与蛋白数据尺度不同，需对齐（如使用UMAP降维）。

-批次效应：不同实验平台差异，可通过Harmonizome工具校正。

3.答案：

-Cox模型构建：

-公式：`h(t)=h?(t)exp(β?X?+β?X?+...)`，其中h?为基准风险率。

-风险比解释：β值大于0表示该变量增加风险（如某基因表达升高HR=2）。

-模型验证：

-比例风险假设：使用Schoenfeld残差检验；可视化检查对数风险函数是否平行。

4.答案：

-特征工程流程：

-标准化：`pd.DataFrame((data-mean)/std)`。

-缺失值填充：`SimpleI