《宏基因组高通量测序技术应用于感染性疾病病原检测中国专家共识》要点汇总.docxVIP

《宏基因组高通量测序技术应用于感染性疾病病原检测中国专家共识》要点汇总

宏基因组高通量测序（mNGS）技术凭借其无需预设、广覆盖的优势，在感染性疾病，特别是疑难危重、罕见病原体感染的诊断中展现出巨大潜力。《宏基因组高通量测序技术应用于感染性疾病病原检测中国专家共识》（以下简称《共识》）的出台，旨在规范mNGS技术在临床感染性疾病病原检测中的应用，提升检测质量与临床解读水平，为临床实践提供重要指导。本文将对其核心要点进行梳理与解读。

一、mNGS的核心价值与定位

《共识》明确指出，mNGS是传统病原检测方法的重要补充与拓展，而非替代。其核心价值体现在：

1.未知病原体或罕见病原体的鉴定：对于临床表现复杂、常规检测手段反复阴性的疑似感染病例，mNGS能快速、无偏倚地检测潜在病原体，显著提高诊断率。

2.危重感染的快速诊断：在脓毒症、重症肺炎等危及生命的感染中，mNGS可缩短病原体确认时间，为精准治疗争取宝贵窗口。

3.特殊部位感染的辅助诊断：如中枢神经系统感染、骨关节感染等，传统检测阳性率低，mNGS可提供有力支持。

4.指导临床合理用药与感染控制：通过快速明确病原体及耐药基因信息，辅助优化抗感染治疗方案，并有助于发现潜在的医院感染暴发。

二、适用范围与临床应用场景

《共识》对mNGS的适用人群和样本类型给出了具体建议，强调精准选择以提高检测效能和成本效益。

1.优先考虑应用mNGS的情况：

*疑似中枢神经系统感染，特别是病毒性脑炎/脑膜炎，常规检测阴性或治疗效果不佳者。

*免疫功能低下患者（如血液病、移植受者、长期使用免疫抑制剂等）的发热伴感染征象，常规检测未能明确病原体。

*重症肺炎或不明原因肺炎，经验性抗感染治疗无效或病情进展迅速。

*疑似特殊病原体感染（如寄生虫、真菌、少见细菌、病毒等）。

*疑难或复杂感染，多部位、多系统受累，病因不明。

*疑似人畜共患病或新发突发传染病。

2.推荐的样本类型：

*无菌体液：如脑脊液、血液（全血/血浆/血清，需注意不同类型血液样本的特点与适用性）、胸水、腹水、关节液等，是mNGS检测的理想样本，干扰少，阳性预测值高。

*呼吸道样本：如支气管肺泡灌洗液（BALF），其诊断价值得到充分肯定；痰液样本需谨慎解读，注意区分定植与感染。

*组织样本：对于局灶性感染，活检组织具有较高诊断价值。

*其他样本：如脓液、心包液等，需结合临床具体分析。

3.不适用或需谨慎使用的场景：

*临床表现不符合感染性疾病者。

*常规检测已明确病原体且治疗反应良好者，一般无需再行mNGS。

*样本质量差、严重溶血或污染的样本，可能导致结果难以解读或出现假阳性。

三、技术流程与质量控制

《共识》强调，mNGS检测是一个多环节紧密衔接的系统工程，全程质量控制（QC）是保证结果可靠性的关键。

1.样本采集、运输与保存：

*严格无菌操作，避免外源性污染。

*使用无核酸酶的容器，采集足量样本。

*及时送检，若不能及时处理，需按规范条件保存（如低温），避免反复冻融。

2.核酸提取：

*选择高效、稳定的核酸提取方法，确保去除抑制物，提高核酸得率和纯度。

*对于不同类型样本，应优化提取方案。

3.文库制备与测序：

*选择合适的建库方法，注意去除宿主核酸（尤其对高宿主背景样本如血液、脑脊液）以提高微生物测序深度。

*测序平台的选择应考虑读长、通量、准确性等因素。

*测序深度需根据样本类型和临床需求设定，确保足够的有效数据量。

4.生物信息学分析：

*建立标准化的数据分析流程，包括原始数据质控、序列比对、物种注释、耐药基因和毒力基因预测等。

*关键在于区分真正的病原体与背景噪声、污染序列。需设立严格的阴性对照（如试剂对照、水对照、提取对照）和阳性对照，以评估整个流程的污染情况和检测灵敏度。

*数据库的完整性和更新频率对分析结果至关重要。

四、结果解读与报告规范

mNGS结果解读是其临床应用的核心难点，《共识》对此进行了重点阐述，强调结合临床context。

1.结果解读的核心原则：

*临床相关性优先：检出序列并不等同于感染病原体，需结合患者症状、体征、影像学表现、实验室检查、治疗反应及样本类型等综合判断。

*排除污染与定植：需关注阴性对照结果、病原体在样本中的相对丰度、是否为该部位常见定植菌或环境污染物。

*考虑混合感染：mNGS可同时检出多种微生物，需判断何者为主要致病菌，或是否存在混合感染。

*动态监测意义：对于治疗中的患者，mNGS结果的动态变化可能具有一定参考价值。

2.报告内容与规范：

*应包含样本信息、