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自动机器学习框架在蛋白质-蛋白质相互作用预测中的模型融合与调优1

自动机器学习框架在蛋白质-蛋白质相互作用预测中的模型

融合与调优

1.自动机器学习框架概述

1.1定义与原理

自动机器学习（AutoML）是一种将机器学习模型的构建过程自动化的技术，旨在

减少数据科学家在模型开发中的工作量，提高模型开发的效率和质量。在蛋白质-蛋白

质相互作用（PPI）预测中，AutoML框架通过自动选择和融合不同的机器学习模型，以

及自动调整模型参数，来提高预测的准确性和可靠性。

•自动特征工程：在PPI预测中，蛋白质的氨基酸序列、结构信息等是重要的特征。

AutoML框架能够自动从这些原始数据中提取和构建有效的特征，例如通过序列

比对工具生成的相似性特征，以及从蛋白质三维结构中提取的几何和物理化学特

征。研究表明，自动特征工程可以将特征的有效性提高30%以上，从而显著提升

模型的预测性能。

•模型选择与融合：PPI预测涉及多种机器学习模型，如支持向量机（SVM）、随机

森林（RF）、神经网络等。AutoML框架能够自动评估这些模型的性能，并选择最

优的模型组合进行融合。例如，在一项研究中，通过融合SVM和RF模型，PPI

预测的准确率从单一模型的75%提高到85%，这表明模型融合在提高预测准确

性方面具有显著优势。

•超参数调优：机器学习模型的性能很大程度上依赖于超参数的设置。AutoML框

架通过贝叶斯优化、遗传算法等方法自动搜索最优的超参数组合。以深度学习模

型为例，通过自动调优学习率、批大小等超参数，模型的收敛速度可以加快2倍，

预测精度提高5%以上。

1.2主要框架与工具

目前，自动机器学习领域已经发展出多种框架和工具，它们在PPI预测中具有广

泛的应用前景。

•H2O.ai：H2O.ai是一个开源的AutoML平台，支持多种机器学习算法，包括线

性模型、树模型和深度学习模型。在PPI预测任务中，H2O.ai能够自动进行特征

工程、模型选择和超参数调优。实验表明，使用H2O.ai构建的PPI预测模型在

2.蛋白质-蛋白质相互作用预测背景2

AUC（AreaUndertheCurve）指标上达到了0.88，与手动调优的模型相比，性能

提升了10%。

•TPOT：TPOT是一个基于遗传算法的AutoML工具，专注于机器学习管道的优

化。它能够自动选择和组合不同的特征预处理方法、模型选择和超参数调优策略。

在PPI预测中，TPOT通过自动优化管道，将模型的准确率从70%提高到82%，

并且在处理大规模数据集时表现出良好的可扩展性。

•Auto-Keras：Auto-Keras是一个专注于深度学习的AutoML框架，特别适合处

理复杂的生物信息学数据，如蛋白质序列和结构数据。它通过自动搜索最优的神

经网络架构和超参数，为PPI预测提供了强大的支持。在一项对比实验中，Auto-

Keras构建的深度学习模型在PPI预测任务中的召回率比传统方法提高了15%，

同时保持了较高的精确率。

•GoogleVizier：GoogleVizier是一个企业级的AutoML平台，提供了强大的超

参数调优功能。它支持多种调优算法，如贝叶斯优化和随机搜索，并能够与现有

的机器学习框架无缝集成。在PPI预测中，GoogleVizier通过优化模型的超参数，

将预测的F1分数从0.72提高到0.80，显著提升了模型的综合性能。

2.蛋白质-蛋白质相互作用预测背景

2.1生物学意义

蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）是细胞内众多生物化学过程的核心，对维持细胞

的正常生理功能至关重要。在细胞信号传导中，蛋白质通过相互作用形成复杂的信号

通路，将细胞外的信号传递到细胞