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基于AUTOML的多层次生物信息特征自动提取与分类模型融合技术研究1

基于AutoML的多层次生物信息特征自动提取与分类模型

融合技术研究

1.研究背景与意义

1.1生物信息学的发展现状

生物信息学作为一门交叉学科，近年来发展迅速。随着基因测序技术的不断进步，

生物数据呈爆炸式增长。目前，全球每年产生的生物数据量已超过100PB，且以每年约

30%的速度递增。这些数据涵盖了基因组学、转录组学、蛋白质组学等多个层面，为生

命科学研究提供了丰富的资源。然而，如何从海量数据中提取有价值的信息，成为当前

生物信息学研究的关键挑战。传统的数据分析方法依赖于人工设计的特征提取和模型构

建，效率低下且难以适应复杂多变的生物数据。例如，在疾病诊断中，传统方法需要耗

费大量时间进行特征选择和模型调优，且准确率有限，难以满足临床快速诊断的需求。

1.2AutoML技术的兴起与应用前景

AutoML（自动化机器学习）技术的出现为解决这一问题提供了新的思路。AutoML

通过自动化的流程，包括数据预处理、特征工程、模型选择和超参数优化等，大大提

高了机器学习模型的构建效率和性能。近年来，AutoML技术在多个领域得到了广泛应

用。在图像识别领域，AutoML技术能够自动提取图像特征并优化模型结构，使识别准

确率提高了15%以上；在自然语言处理领域，AutoML技术通过自动选择合适的模型

架构和超参数，提升了文本分类和情感分析的性能。在生物信息学领域，AutoML技术

的应用还处于起步阶段，但其潜力巨大。它能够自动处理复杂的生物数据，提取多层次

的生物信息特征，并实现模型的自动融合，为生物信息学研究带来了新的机遇。

1.3研究的必要性与创新点

目前，生物信息学研究中仍存在许多亟待解决的问题。一方面，生物数据的复杂性

和多样性使得传统的特征提取方法难以有效应用。例如，基因表达数据不仅具有高维

度，还存在大量的噪声和冗余信息，传统的特征提取方法难以从中提取出与疾病相关的

有效特征。另一方面，生物信息学中的模型融合技术相对滞后，难以充分发挥不同模型

的优势。例如，在蛋白质结构预测中，单一模型往往难以准确预测复杂的蛋白质结构，

而现有的模型融合方法存在融合效率低、融合效果不理想等问题。针对这些问题，本研

究提出基于AutoML的多层次生物信息特征自动提取与分类模型融合技术。该技术通

过自动化的流程，实现从生物数据中自动提取多层次特征，并自动融合多个分类模型，

2.AUTOML技术概述2

提高生物信息分析的准确性和效率。与传统方法相比，该技术具有以下创新点：

1.自动化特征提取：能够自动处理复杂的生物数据，提取多层次的生物信息特征，避

免了人工特征提取的主观性和局限性。

2.模型融合优化：通过自动化的模型融合技术，充分发挥不同模型的优势，提高分

类准确率和泛化能力。

3.高效性与可扩展性：该技术能够在短时间内处理大规模生物数据，且具有良好的

可扩展性，能够适应不同类型的生物信息学问题。

2.AutoML技术概述

2.1AutoML的基本原理与流程

AutoML（自动化机器学习）旨在通过自动化流程减少机器学习模型开发中的人工

干预，提高模型开发效率和性能。其基本原理是将机器学习中的数据预处理、特征工程、

模型选择、超参数优化等步骤进行自动化处理。具体流程如下：

•数据预处理：自动识别数据类型、处理缺失值、异常值和数据标准化等操作。例

如，对于生物信息学中的基因表达数据，AutoML工具可以自动检测并填补缺失

值，对数据进行归一化处理，使数据更适合后续的模型训练。

•特征工程：自动选择和构建特征，包括特征选择、特征组合和特征转换等。在生

物信息学中，基因数据具有高维度和复杂性，AutoML可以通过自动特征工程提

取与疾病相关的有效特征，如通过自动特征选择去除冗余基因特征，保留与疾病

发生发展密切相关的核心基因特征。

•模型选择：自动从多种机器学习模型中选择最适合当前数据和任务