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TD70/KasalathRIL群体遗传图谱构建与重要农艺性状QTL定位研究

一、引言

1.1研究背景与意义

水稻作为全球最重要的粮食作物之一，养活了世界上近一半的人口。随着全球人口的持续增长以及人们生活水平的不断提高，对水稻产量和品质的需求也日益增长。如何进一步提高水稻的产量、改善其品质，成为了水稻遗传研究和育种领域的关键任务。

遗传图谱是指将基因组中具有统计意义的分子标记之间的互作关系进行建模并用图示展现出来的一种方法，其主要目的是确定基因组中各个基因之间的遗传连锁关系，进而找出与相关性状有显著关联的基因区间和突变点。构建高密度的遗传图谱，能够为水稻基因定位、克隆以及功能研究提供关键的框架。借助遗传图谱，科研人员能够更精准地识别与重要农艺性状相关的基因位点，为后续的基因操作奠定坚实基础。

数量性状位点（QTL）定位则是检测分子标记和QTL间的连锁关系，估计QTL的效应，利用分子标记进行遗传连锁分析，检测出QTL。水稻的许多重要农艺性状，如株高、分蘖数、穗部性状等，均属于数量性状，受多个基因以及环境因素的共同作用。通过QTL定位，能够确定影响这些数量性状的基因位点及其效应，深入了解水稻农艺性状的遗传机制。这不仅有助于丰富水稻遗传育种的理论体系，还能为分子标记辅助育种提供有价值的遗传信息，加速水稻新品种的培育进程，提高水稻的产量和抗逆性，对于保障全球粮食安全具有深远意义。

1.2国内外研究现状

在水稻遗传图谱构建方面，国内外取得了显著进展。早期，主要利用限制性片段长度多态性（RFLP）标记构建遗传图谱，如1988年McCouch等利用RFLP标记构建了第一张水稻遗传图谱。随着技术的发展，简单序列重复（SSR）标记因其多态性高、操作简便等优点，成为遗传图谱构建的常用标记。目前，水稻遗传图谱上的分子标记数已超过6000个，平均间距为75-100kb，基本覆盖了水稻基因组的所有区域，为进一步精细定位及克隆提供了便利。同时，单核苷酸多态性（SNP）标记以其数量多、分布广等特点，逐渐成为构建高密度遗传图谱的重要标记，推动了水稻遗传图谱向更高密度、更精准的方向发展。

在QTL定位研究上，自Wang等利用RFLP连锁图定位了水稻对稻瘟病有部分抗性的14个QTL以来，相关研究报道不断涌现。世界各国科学家应用不同的群体，对水稻大多数性状进行了QTL定位，这些性状涵盖了生育期、株高及其组成性状、产量及产量构成性状、谷粒外观品质、食味和营养品质等农艺性状，以及水稻种子的休眠性、水稻叶片叶绿素和过氧化氢含量等生理性状。例如，利用F2、回交群体（BC）、重组自交系（RIL）等群体，定位到了大量与水稻产量、品质、抗逆性相关的QTL。

然而，当前研究仍存在一些不足。一方面，已定位的QTL很多还需要进一步精细定位和克隆，以明确其具体的基因功能和作用机制；另一方面，不同研究中使用的群体和方法存在差异，导致QTL定位结果的可比性和重复性较差。此外，环境因素对QTL表达的影响研究还不够深入，如何在不同环境条件下稳定地检测和利用QTL，仍是亟待解决的问题。

1.3研究目标与内容

本研究旨在构建TD70/KasalathRIL群体的遗传图谱，并对重要农艺性状进行QTL定位。具体研究内容如下：

利用TD70和Kasalath杂交构建RIL群体，通过多代自交获得稳定的株系。

选用合适的分子标记，如SSR、SNP等，对RIL群体进行基因分型，筛选出具有多态性的标记。

运用遗传分析软件，构建TD70/KasalathRIL群体的遗传连锁图谱，确定分子标记在染色体上的相对位置和遗传距离。

对RIL群体的重要农艺性状，如株型性状（株高、分蘖数、叶片角度等）和穗部性状（穗长、穗粒数、粒重等）进行表型鉴定。

采用复合区间作图法等QTL定位方法，分析分子标记与农艺性状之间的关联，定位影响这些性状的QTL，估计其效应和贡献率。

二、遗传图谱构建与QTL定位的理论基础

2.1遗传图谱构建原理与方法

2.1.1遗传图谱构建原理

遗传图谱（GeneticMap），又被称作连锁图（LinkageMap），它主要用于展示基因或DNA标记在染色体上的相对位置以及它们之间的遗传距离。其中，遗传距离通常是以基因或DNA片段在染色体交换过程中的分离频率厘摩（cM，centi-Morgan）来衡量。当厘摩值越大时，表明两者之间的距离越远，1cM约等于1×10?个核苷酸对（1Mb）。

其构建原理基于减数分裂过程中染色体的行为。在减数分裂时，同源染色体之间会发生联会和交换，位于同一条染色体上的基因或DNA标记在一般情况下会共同传递给子代，但由于