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长非编码RNA基因的定义和分类

长非编码RNA基因的定义

长非编码RNA（LongNon-CodingRNA，lncRNA），通常被定义为长度大于200个核苷酸的非编码RNA分子。这一定义是为了将其与小非编码RNA，如微小RNA（miRNA）、小干扰RNA（siRNA）、Piwi相互作用RNA（piRNA）、小核仁RNA（snoRNA）等区分开来。不过，随着研究的深入，这一定义也面临一些挑战。有研究发现部分lncRNA具有编码小蛋白或微肽的潜力，所以目前对lncRNA更新的定义为一类长度超过200核苷酸且无或仅有有限编码能力的转录本。但也有学者，如JohnS.Mattick及其同事建议将长非编码RNA的定义修改为长度大于500nt的转录本，且大多由RNA聚合酶Ⅱ转录生成。所以，关于lncRNA确切定义在该领域仍处于讨论之中。

从转录来源上看，lncRNA由RNA聚合酶Ⅱ转录生成，其在结构上类似mRNA，很多lncRNA经过剪接，具有polyA尾巴与启动子结构。在人类基因组中，仅有约2%的序列能够编码蛋白质，而大部分基因组序列都被转录为非编码RNA，其中就包含大量的lncRNA。

长非编码RNA基因的分类

根据lncRNA在基因组上的位置以及与蛋白质编码基因的相对关系，可以将其分为以下几类：

正义lncRNA（SenselncRNA）：这类lncRNA的转录方向与相邻的蛋白质编码基因的转录方向相同，且其转录本至少有一部分与蛋白质编码基因的外显子区域重叠。它可能通过多种机制参与基因表达调控，比如与mRNA前体形成双链结构，影响mRNA的剪接过程。

反义lncRNA（AntisenselncRNA）：转录方向与相邻的蛋白质编码基因的转录方向相反，其转录本与蛋白质编码基因的外显子或内含子区域互补配对。反义lncRNA可以通过与正义链的mRNA或DNA相互作用，在转录水平或转录后水平调控基因表达。例如，它可以与mRNA形成双链RNA，影响mRNA的稳定性、翻译效率，或者招募相关的调控因子到染色质区域，改变染色质的状态，进而影响基因的转录。

双向lncRNA（BidirectionallncRNA）：位于蛋白质编码基因的启动子区域附近，从基因的双向启动子区域转录产生，其转录方向与相邻的蛋白质编码基因相反。双向lncRNA可能参与调控与之相邻的蛋白质编码基因的转录起始，其机制可能与招募转录调控因子、改变染色质的开放状态等有关。

基因间lncRNA（IntergeniclncRNA，lincRNA）：这类lncRNA的转录区域位于两个蛋白质编码基因之间，不与已知的蛋白质编码基因外显子或内含子区域重叠。lincRNA在基因组中广泛存在，其功能较为多样，有的可以作为分子支架，招募多种蛋白质形成复合物，参与基因表达调控；有的可以与DNA结合，影响染色质的结构和功能。例如，一些lincRNA可以与特定的转录因子结合，引导转录因子到靶基因的启动子区域，从而调控基因表达。

基因内lncRNA（IntroniclncRNA）：完全位于蛋白质编码基因的内含子区域内。基因内lncRNA可能参与调控所在基因的转录过程，比如通过影响内含子的剪接效率，或者与转录相关的蛋白质相互作用，调控基因转录的延伸、终止等环节。

随着研究的不断深入，科学家们对lncRNA的认识也在持续更新。在NONCODE数据库的升级过程中，也不断纳入新的研究成果和分类方式，以便更全面、准确地对长非编码RNA基因进行注释和分类，为后续的研究提供更完善的数据支持。例如，在NONCODEV6版本中，不仅增加了植物物种的lncRNA注释，还更新了人和小鼠等物种中lncRNA与疾病（如肿瘤）的关系注释，这些新的数据和注释对于进一步理解lncRNA的分类和功能具有重要意义。