SARS-CoV-2流行趋势和关键突变实时监测自动化工具开发与应用.pdf

SARS-CoV-2流行趋势和关键突变实时监测自动化工具开发与应用

摘要

随着新型冠状病毒（SARS-CoV-2）在全球范围内的大流行，实时高效监测新型冠状病

毒的突变、关键突变位点以及单倍型流行趋势对于更新治疗药物、改进检测方法以及开发

针对新型冠状病毒的疫苗具有非常重要的意义。在本研究中，我们利用Python语言整合

了Bowtie2、SAMtools、BCFtools、VCFtools、Haploview五个工具，开发了一个实时监

测新型冠状病毒关键突变位点及流行趋势的自动化工具——AutoVEM。AutoVEM综合了基

因组序列全部突变检测、关键突变位