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如何为我的列表获取美观的HTML输出
JamesW.MacDonald
1概述
本指南的目的是展示如何制作美观的HTML表格来呈现微阵列分析的结果。
这些表格是一种非常不错的格式，因为您可以指向各种公共注释数据
库的可点击，这有助于下游分析。此外，这种格式相当紧凑，可以发
布到网络上，并且可以使用许多免费的网页浏览器查看。需要注意的是，
HTML表格可能不是呈现上所有结果的最佳格式。即使是小型
（5000个）的，文件大小也可能达到10Mb或，这将需要大
量的时间来打开和查看。还请注意，Bioconductor项目为许多流行的
Affymetrix以及许多商业c了注释包。对于有注释包的
，annaffy包是制作HTML表格的首选方法。
要制作一个带有注释的HTML表格，唯一的要求是我们需要有一些用
于所使用微阵列的注释数据。大多数制造商各种格式的数据，可以读
入R。例如，Affymetrix的CSV文件可以通过read.csv()函数读入
R，为
byproduct.affx?cat=arrays。
2种替代方法
请注意，也可以通过解析来自（或本地）Biomart数据库的数据来创
建这些HTML表格，使用biomaRt包中的函数。这可能会更简单，并且可
能导致注释数据更加更新。有关信息，请参阅biomaRt包中的
prettyOutput文档。
HowTo:getprettyHTMLoutputformygenelist
JamesW.MacDonald
October1,2012
1Overview
Theintentofthisvignetteistoshowhowtomakereasonablynicelooking
HTMLtabforpresentingtheresultsofamicroarrayanalysis.Thesetab
areaveryniceformatbecauseyoucaninsertclickablelinkstovariouspublic
annotationdatabases,whichfacilitatesthedownstreamanalysis.Inaddition,
theformatisquitecompact,canbepostedontheweb,andcanbeviewed
usinganynumberoffreewebbrowsers.Onecaveat;anHTMLtableis
probablynotthebestformatforpresentingtheresultsforallofthegeneson
achip.Forevenasmall(5000gene)chip,thefilecouldbe10Mbormore,
whichwouldtakeaninordinateamountoftimetoopenandview.Alsonote
thattheBioconductorprojectsannotationpackagesformanyofthe
morepopularAffymetrixchips,aswellasformanycommercialspottedc
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