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研究方向）。Sobereva的硬件资料库:

[]在VMD中显示原子序号的方法

2013‑07‑3100:13

在VMD中显示原子序号的方法

文/Sobereva

首次发布：最后更新：

尽管VMD灵活强大，但并没有一般分子可视化软件直接显示全部原子序号的功

能，这给使用带来了一定不便。不过，这可以通过手动操作或编写来实现。

手动实现的方法是按下数字键1，然后依次点击打算显示原子编号的原子，接着进入

Graphics‑Labels，选中所有条目，然后点击Properties页，在Format框内输入%i。这

些原子的编号就会显示在图中。如果觉得位置不合适，可以在Properties页的

Offset里拖动十字来调整位置。在GlobalProperties页里可以设置文字大小和粗细。修

改文字颜色的方法是在Graphics‑Colors里的Categories里选择Labels，在Names里选

择Atoms，然后再选择一种颜色。

如果原子如果有很多，可以将以下到命令行窗口中运行以定义一个命令atmlab，

procatmlab{rangeid}{setsel[atomselect$id

$range]setk0foreachi[$sellist]{labeladd

Atoms$id/$ilabeltextformatAtoms$k{%i}

labeltextoffsetAtoms$k{‑0.11‑0.0055}incrk}$sel

deletelabeltextsize1.2

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[]在VMD中显示原子序号的方法

2013-07-3100:13

在VMD中显示原子序号的方法

文/Sobereva

Firstrelease:2013-Jul-30Lastupdate:2014-Jul-23

VMD虽然灵活强大，但是却没有一般的分子可视化软件的直接显示全部原子

序号的功能，比较不方便。但是这也可以手动或者通过来实现。

手动实现的办法就是按数字键1，然后依次点击打算显示原子编号的原子，然后进

入Graphics-Labels，选中所有条目，然后点击Properties页，在Format框里面

输入%i。那些原子的编号就显示在图中了。如果觉得位置不合适，可以拖动

Properties页里Offset里的十字使位置合适。在GlobalProperties页里可

以设文字大小和粗细。修改文字颜色的方法是在Graphics-Colors里的Categories里

选择Labels，Names里选择Atoms，然后再选择一种颜色。

如果原子很多，则可以将以下拷贝到命令行窗口运行来定义一个命令atmlab，

procatmlab{rangeid}{

setsel[atomselect$id$range]