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基于全基因组关联分析探究水稻核心种质抗倒性与农艺性状的遗传机制

一、引言

1.1研究背景

水稻（OryzasativaL.）作为全球最重要的粮食作物之一，为全球近一半人口提供主食，在保障世界粮食安全中占据着举足轻重的地位。据统计，全球约有35亿人以大米为主食，亚洲地区的水稻消费量更是占全球总量的90%以上。在中国，约60%的人口以大米为主食，水稻的稳定生产对于满足国内粮食需求、维护社会稳定具有关键意义。随着世界人口的持续增长以及人们生活水平的不断提高，对水稻产量和品质的要求也日益提升。

在水稻生产过程中，抗倒性是影响水稻产量和品质的关键因素之一。倒伏会导致水稻光合作用效率降低，影响养分的运输和积累，进而造成减产。据相关研究表明，倒伏严重时可使水稻减产30%-50%，同时还会降低稻米的品质，如增加垩白度、降低出糙率和精米率等。倒伏还会增加收割难度和成本，给农民带来经济损失。在实际生产中，由于受到风雨、病虫害、种植密度过大、施肥不合理等多种因素的影响，水稻倒伏现象时有发生。例如，在台风频发的地区，水稻倒伏问题尤为严重，给当地的水稻生产带来了巨大挑战。

主要农艺性状，如株高、分蘖数、穗长、粒数、千粒重等，与水稻的产量和品质密切相关。株高适中有助于增强水稻的抗倒性，同时也影响着水稻对光照和养分的利用效率；分蘖数直接决定了水稻的有效穗数，是构成产量的重要因素之一；穗长和粒数影响着每穗的粒重，千粒重则反映了种子的饱满程度和活力，这些性状的优化对于提高水稻产量至关重要。优良的农艺性状还能改善稻米的品质，如粒型、垩白度、透明度等外观品质以及直链淀粉含量、胶稠度等蒸煮食味品质，满足消费者对高品质稻米的需求。

全基因组关联分析（Genome-WideAssociationStudy，GWAS）作为一种高效的遗传学研究方法，近年来在水稻研究中得到了广泛应用。它利用自然群体中存在的丰富遗传变异，通过对大量个体的基因型和表型数据进行关联分析，能够快速、准确地鉴定出与目标性状相关的基因位点。与传统的连锁分析方法相比，GWAS具有无需构建特殊遗传群体、能够检测到多个基因位点以及可以挖掘自然群体中的稀有变异等优势。随着高通量测序技术和生物信息学的快速发展，GWAS在水稻抗倒性和主要农艺性状研究中的应用越来越深入，为揭示这些性状的遗传基础、挖掘关键基因提供了有力工具。

1.2研究目的与意义

本研究旨在通过全基因组关联分析，深入挖掘水稻抗倒性和主要农艺性状相关的基因位点，为水稻遗传改良和分子设计育种提供理论基础和基因资源。具体研究目的包括：利用水稻核心种质资源，对其抗倒性和主要农艺性状进行精准表型鉴定；运用高通量测序技术，获得水稻核心种质的全基因组基因型数据；通过全基因组关联分析方法，筛选出与抗倒性和主要农艺性状显著关联的单核苷酸多态性（SNP）位点；对关联位点进行功能注释和分析，挖掘潜在的关键基因，并进一步验证其功能。

本研究具有重要的理论意义和实践价值。在理论方面，通过全基因组关联分析揭示水稻抗倒性和主要农艺性状的遗传基础，有助于深入了解这些性状的遗传调控机制，丰富水稻遗传学理论。挖掘到的关键基因和遗传位点，为进一步开展基因功能研究和分子调控网络解析提供了基础，推动了水稻功能基因组学的发展。在实践应用方面，本研究的成果能够为水稻遗传改良和育种实践提供重要的指导。育种家可以利用鉴定出的与优良性状相关的基因位点，通过分子标记辅助选择（MAS）、基因编辑等现代生物技术，精准地改良水稻品种的抗倒性和农艺性状，提高育种效率和准确性，缩短育种周期。这有助于培育出高产、优质、抗倒伏的水稻新品种，满足农业生产对优良水稻品种的需求，对于保障粮食安全、促进农业可持续发展具有重要意义。

1.3国内外研究现状

在水稻核心种质资源研究方面，国内外已开展了大量工作。全球范围内收集了丰富的水稻种质资源，截至目前，国际水稻研究所（IRRI）保存的水稻种质资源超过12万份，中国国家种质库保存的水稻种质资源也达到了8万余份。通过对这些种质资源进行遗传多样性分析和评价，构建了多个水稻核心种质库。中国农业科学院作物科学研究所利用SSR标记对我国水稻种质资源进行遗传多样性分析，构建了包含1000余份材料的核心种质库，为水稻遗传研究和育种提供了重要的材料基础。对水稻核心种质资源的表型鉴定和基因型分析也在不断深入，为挖掘优异基因资源提供了数据支持。

水稻抗倒性研究一直是水稻研究的热点之一。国内外学者从多个角度对水稻抗倒性进行了研究。在抗倒性的生理机制方面，研究发现水稻的茎秆强度、基部节间形态、根系发育等与抗倒性密切相关。茎秆中纤维素、木质素等物质的含量和分布影响着茎秆的机械强度，基部节间短粗、壁厚的水稻品种通常具有较强的抗倒性；发达的根系能够增强水