第11章 深度学习与MRI数据集预处理.pptxVIP

第11章深度学习与MRI数据集预处理MindSpore医学智能分析实践

01项目基本介绍02核心技术与工具栈03预处理整体流程具体实现过程04完整代码调用流程0506项目小结与展望

项目基本介绍为什么要做MRI数据集预处理？第一部分

项目基本介绍应用背景深度学习在医学影像（MRI）分析中广泛应用（如脑区分割、疾病诊断）数据痛点原始MRI数据为三维NIfTI格式，需经过解压、合并、裁剪等处理才能适配模型训练项目目标实现从原始数据到模型输入的全流程预处理，输出标准化、可直接用于训练的数据集

核心技术与工具栈支撑项目的关键技术与工具第二部分

工具与库核心技术与工具栈核心技术1.医学影像处理：NIfTI格式解析、标签合并、图像裁剪/重命名单击此处输入你的正文，为了最终演示发布的良好效果，请尽量言简意赅的阐述观点。。单击此处输入你的正文，为请尽量言简意赅的阐述观点3.深度学习适配：数据格式转换、适配U-Net等分割模型2.数据优化：归一化/标准化、有效区域提取（基于标签）类别核心工具用途数据处理nibabel、numpy、shutil解析NIfTI文件、数组运算、文件拷贝深度学习框架PyTorch/TensorFlow/MONAI后续模型训练（预处理数据适配）辅助工具os、zipfile路径管理、文件解压

预处理流程从原始数据到标准数据的6大步骤第三部分

预处理流程原始数据（ZIP压缩包）1.解压读取2.标签合并（左右脑）3.图像重命名（与标签对齐）4.裁剪(统一尺寸64×64×96)5.二次重命名（标准化命名）6.验证（格式/尺寸校验）最终训练数据

具体实现过程环境搭建/路径管理/解压读取/标签合并/裁剪验证（含核心代码）第四部分

具体实现过程01环境搭建（核心代码块）#清除缓存+取消代理!pipcachepurgeimportosos.environ.pop(http_proxy,None)#安装核心库!pipinstallnibabelnumpy-i/simple#导入依赖importnibabelasnibimportnumpyasnpimportshutil、zipfile02路径管理路径类型核心路径用途原始数据路径./test/label/、./test/image/存放待处理的标签/图像压缩包中间结果路径./test/combine_label/、./test/rename_image/存放合并后标签、重命名后图像最终输出路径./test/data/image/、./test/data/label/存放裁剪+标准化后的最终数据

具体实现过程03解压并读取文件importosimportzipfileimportnibabelasnibdefunzip_files(path):解压指定目录下的所有.zip文件:parampath:目录路径:return:解压成功的文件数量ifnotos.path.exists(path):print(f目录{path}不存在。)return0zip_files=[fforfinos.listdir(path)iff.endswith(.zip)]unzipped_count=0forzip_fileinzip_files:zip_file_path=os.path.join(path,zip_file)ifzipfile.is_zipfile(zip_file_path):try:withzipfile.ZipFile(zip_file_path,r)aszip_ref:zip_ref.extractall(path)print(f压缩文件{zip_file_path}解压成功。)unzipped_count+=1exceptExceptionase:print(f压缩文件{zip_file_path}解压失败，错误信息：{e})else:print(f{zip_file_path}不是有效的ZIP文件，跳过解压。)returnunzipped_count执行结果defread_files_recursive(path