小尾寒羊与杜泊羊臂二头肌转录组及肌球蛋白轻链基因家族特征解析与差异洞察.docxVIP

小尾寒羊与杜泊羊臂二头肌转录组及肌球蛋白轻链基因家族特征解析与差异洞察

一、引言

1.1研究背景与意义

随着人们生活水平的提高，对羊肉的需求日益增长。据相关数据显示，近年来国内羊肉市场缺口不断扩大，2025年国内缺口约50万吨，进口依赖度升至9.5%。在这样的市场环境下，如何提高羊只的产肉量、改善羊肉品质成为了羊养殖业发展的关键问题。小尾寒羊和杜泊羊作为重要的绵羊品种，在羊肉生产中占据着重要地位。小尾寒羊是中国本土优良品种，具有繁殖力强、肉质鲜嫩等特点；杜泊羊则是世界著名的肉用绵羊品种，生长速度快、屠宰率高、抗逆性强。深入研究这两个品种羊的肌肉生长机制，对于提高羊肉产量和品质具有重要的现实意义。

转录组测序（RNA-Seq）技术的出现，为揭示生物体内基因表达调控机制提供了有力工具。通过对小尾寒羊和杜泊羊臂二头肌进行转录组分析，可以全面了解两个品种羊在基因表达水平上的差异，筛选出与肌肉生长、发育相关的关键基因，为进一步研究肌肉生长的分子机制奠定基础。肌球蛋白轻链基因家族在肌肉收缩和减少肌肉萎缩等生理过程中发挥着关键作用，研究其在小尾寒羊和杜泊羊中的结构特征和表达差异，有助于深入理解两个品种羊在肌肉性能上的差异，为羊的品种改良和肉质提升提供理论依据。

1.2国内外研究现状

在小尾寒羊和杜泊羊的研究方面，国内外学者已经取得了一些成果。在生长性能方面，大量研究表明杜泊羊与小尾寒羊相比，生长速度（平均日增重）、屠宰率等性状具有明显优势。在杂交利用方面，杜泊羊与小尾寒羊的杂交养殖受到了广泛关注，杂交后的羊羔在生长性能、肉质等方面表现出一定的杂种优势。

在转录组研究领域，虽然转录组测序技术已广泛应用于生物学和基因组学研究，但针对小尾寒羊和杜泊羊肌肉组织的转录组研究还相对较少。已有研究发现小尾寒羊和杜泊羊具有某些特定基因的表达差异，这些基因与饲养环境和营养饲料有关，但对于肌肉组织中全转录组的系统研究尚未深入开展。

对于肌球蛋白轻链基因家族的研究，近年来随着高通量测序技术和生物信息学方法的发展，许多研究组开始关注其结构和功能。已有研究发现小尾寒羊和杜泊羊的肌球蛋白轻链基因家族存在差异，例如小尾寒羊中有几个肌球蛋白轻链基因家族的成员表达很高，而杜泊羊却未表达，这可能导致二者肌肉收缩和减少肌肉发生萎缩的差异。然而，目前对于这两个品种羊肌球蛋白轻链基因家族的结构特征和表达调控机制的研究还不够全面和深入。

1.3研究目标与内容

本研究旨在通过对小尾寒羊和杜泊羊臂二头肌进行转录组测序及分析，全面揭示两个品种羊转录组文库的特征，包括基因表达、基因注释、差异基因、可变剪接、新转录本、cSNP和SSR等，筛选出与肌肉生长、发育相关的关键基因。同时，克隆小尾寒羊和杜泊羊MYL1、MYL2、MYL3和MYL4基因的全长cDNA序列，对其cDNA序列以及编码蛋白的结构特征等方面进行分析，并研究这几个基因在绵羊不同组织间的mRNA表达谱，以明确肌球蛋白轻链基因家族在小尾寒羊和杜泊羊肌肉生长中的作用机制。

具体研究内容如下：

以生长性能显著不同的小尾寒羊和杜泊羊的臂二头肌为试验材料，提取总RNA，构建转录组文库，采用IlluminaHiSeq2000高通量测序平台进行测序。

将获得的测序序列与绵羊参考基因组和参考基因进行比对，分析转录组文库的特征，包括基因表达水平、基因注释、差异表达基因的筛选及功能富集分析、可变剪接事件的鉴定、新转录本的预测以及cSNP和SSR的挖掘。

采用qRT-PCR法对高通量测序数据中随机选取的12个基因进行相对定量分析，验证测序数据的可靠性。

采用RACE等方法克隆小尾寒羊和杜泊羊MYL1、MYL2、MYL3和MYL4基因的全长cDNA序列，利用GENSCAN等生物软件对cDNA序列以及编码蛋白的结构特征，如氨基酸组成、理化性质、二级结构、三级结构等进行分析。

利用实时荧光定量PCR技术对MYL1、MYL2、MYL3和MYL4基因在绵羊的不同组织，如背最长肌、心肌、肝脏等组织间的mRNA表达谱进行分析，探究其与绵羊骨骼肌生长的关系。

1.4研究方法与技术路线

本研究主要采用以下方法：

RNA-Seq测序：提取小尾寒羊和杜泊羊臂二头肌的总RNA，去除rRNA后，将mRNA反转录成cDNA，构建测序文库，利用IlluminaHiSeq2000高通量测序平台进行双端测序，获得转录组数据。

生物信息学分析：运用Trimmomatic等软件对原始测序数据进行质量控制，去除低质量reads和接头序列；使用HISAT2软件将高质量的reads比对到绵羊参考基因组上；采用StringTie软件进行转录