病原宏基因组高通量测序临床本地化检测规范专家共识（2024版）.pdfVIP

病原宏基因组高通量测序临床本地化检测规范

专家共识（2024版）

摘要

感染性疾病作为全球公共卫生领域的重要挑战，其病原学诊断的准确性与

时效性直接关系到临床治疗决策的有效性。传统微生物培养、血清学检测及靶

向分子检测等技术受限于预置病原体假设，难以应对新发突发传染病、罕见病

原体感染及混合感染等复杂临床场景。宏基因组高通量测序技术

（metagenomicnext-generationsequencing,mNGS）通过无偏倚测序策

略，理论上可覆盖所有已知基因组序列的微生物，为临床感染病原学诊断带来

了革命性突破。本共识基于国内外最新研究证据和临床实践，系统阐述了

mNGS实验室自建检测（laboratorydevelopedtest,LDT）的全流程标准化

要求，涵盖实验室建设、湿实验流程、干实验流程、性能确认等关键环节，旨

在推动该技术在保障质量安全的前提下实现规范化应用。

第一章背景与意义

当前临床微生物检测面临三大核心矛盾：传统检测技术覆盖率有限与病原

体多样性激增的矛盾、培养周期长与危重症救治时效性的矛盾、预设检测靶标

与新发病原体不可预测性的矛盾。mNGS技术通过直接对临床标本中全部核酸

物质进行测序分析，实现了从假设驱动到数据驱动的诊断模式转变。多项

临床研究证实，该技术对中枢神经系统感染、血流感染、呼吸道感染等疑难危

重病例的诊断率可提升20-40%，平均报告周期缩短至24-48小时。

我国现阶段mNGS临床应用存在显著的地域和技术不平衡性。三级医院多

采用商业试剂盒，而基层机构受限于成本和技术门槛难以开展。实验室自建检

测模式（LDT）作为体外诊断产品注册制度的有效补充，为医疗机构开展个体

化检测服务提供了政策空间。2021年修订的《医疗器械监督管理条例》明确允

许医疗机构针对特定临床需求自主研发检测方法，这为mNGS技术本地化应用

奠定了法律基础。本共识的制定将填补国内mNGS-LDT标准体系的空白，指

导医疗机构建立符合自身特点的标准化检测流程。

第二章实验室建设基本要求

2.1实验室结构布局

实验室空间规划需严格遵循单向工作流原则，根据建库方法差异采用分

级防护策略。PCR建库实验室应参照《医疗机构临床基因扩增检验实验室工作

导则》设置四区独立空间（试剂准备区、标本制备区、扩增区、产物分析

区），各区配备独立通风系统和负压控制装置。建议采用双走廊设计实现人

员与物品分流，墙面地面应采用耐腐蚀、易清洁的环氧树脂材料，紫外灯照射

强度应定期校准。

对于PCR-free建库方案，可在生物安全二级（BSL-2）基础上优化空间配

置。推荐设置三联式功能分区：前处理区（配备Ⅱ级生物安全柜和低温离心

机）、建库区（恒温混匀仪和磁力架等设备）、测序区（保持温湿度恒定）。

需特别注意文库定量环节的隔离要求，即使采用PCR-free方案，qPCR定量步

骤仍需在独立空间完成，避免气溶胶交叉污染。

2.2生物安全管理体系

实验室应建立三级生物安全防护制度：基础防护（所有操作人员必须穿戴

医用防护口罩、护目镜和双层手套）、增强防护（处理高致病性标本时使用正

压防护面罩）、应急防护（配备生物安全应急处理箱）。针对不同风险标本实

施分级处理：常规标本在BSL-2环境下操作，疑似鼠疫耶尔森菌、马尔堡病毒

等甲类传染病病原体需转运至BSL-3实验室检测。

生物废物处理应执行先灭活后处理原则。含病原体的液体废物需经

121℃高压灭菌30分钟，固体废物使用专用灭菌袋封装后集中处理。实验台面

每日工作结束后应采用三步消毒法：1%次氯酸钠溶液擦拭→75%乙醇脱氯→紫

外线照射30分钟。建议每月进行环境微生物监测，重点检测设备表面、通风

系统滤膜等关键部位。

第三章湿实验标准化流程

3.1标本前处理技术

标本预处理质量直接影响后续检测灵敏度。对于粘稠标本（如痰液、脓

液），建议采用二步液化法：首先加入等体积1%二硫苏糖醇（DTT）溶液涡

旋震荡，37℃孵育15分钟；随后加入50U/ml中性蛋白酶继续消化10分钟。

对于细胞含量丰富的标本（如