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[]VMD显示轨迹中粒子的空间密度

分布的两种方法

2008-12-2201:29

VMD显示轨迹中粒子的空间密度分布的

两种方法

文/Sobereva

第法是用颜色深浅显示某原子在不同位置出现的概率，这种方法适合描述少数几个

粒子的密度分布，效果比较柔和。渲染模式开GLSL，在Materials框里把Transparent

材质到一个新的材质叫a

把a的Ambient设最大，Opacity设0.03，然后在文本控制台source一下dis.tcl。

运行drawmateriala

然后比如想看index444原子4444帧内的空间分布状况，输入dis4444444。如果效果

不好，再调a材质的Opacity。原理简单来说，就是开了GLSL渲染模式所绘的东西可

以有透明色，每次出现用一个透明的白色球来表示，这样的东西叠加次数越多，某处越不

透明，显得颜色越深（图中的例子就是越白），说明出现概率越大。我的例子是苯丙氨酸

苯环末端的H在各个位置的出现几率，说明不易偏离其稳定位置，越靠边概率越小。

球半径0.13是我觉得图像效果比较好的情况，可以自己调。如果不满意，就运行draw

deletea删除所绘的一切内容，调完参数再次重复上面步骤运行。

dis.tcl内容:procdis{atomfps}{drawcolorwhitefor{set

i0}{$i$fps}{incri1}setnowselect{atomselecttopindex$atom

frame$i}setx[$nowselectget{x}]sety[$nowselectget{y}]set

z[$nowselectget{z}]drawsphere$x$y$zradius0.13}

第二种方法是用等值面显示，这种方法适合描述大量粒子的空间分布

用g_spatial可以计算某个group在空间中每个点的出现几率。g_spatial有个致命bug，至

少直到4.0.2还没改过来，有人在gmxmailinglist提过g_spatial有问题，但是开发者似乎

将之当成了耳旁风。g_spatial的手册完全是错的，是g_cluster的手册，程序本身也和

g_cluster一模一样，是g_spatial.c指向的是gmx_cluster函数而非gmx_spatial，所以编

译前一定把src/tools/g_spatial.c里面的gmx_cluster改成gmx_spatial。

首先用trjconv-fa-sol.trr-sa-sol.gro-fitrot+trans按照某个东西align一下，比如研究溶剂在

蛋白附近分布，fit组就选蛋白，也就是以蛋白不发生整体运动为依据改变整个轨迹中的原

子坐标，然后g_spatial-sa-sol.tpr-fa-sol.trr-nindex.ndx可以计算某个group在空间中每个

点的出现几率，存为grid.cube。如果说内存不够，用-nab，设100一般够了。设bin控制

格点宽度，默认是0.05，0.03的时候文件已经很大了。

g空間第一次选择的group决定了空间格点各个值的大小，也即决定了grid.cube的数据部

分，得到的