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分子植物育种，2024年，第22卷，第22期，第7400-7412页

MolecularPlantBreeding2024,Vol.22,No.22,7400-7412

研究报告

ResearchReport

仙人掌科叶绿体与核基因组密码子偏好性分析

林新茂黄家权*

海南大学热带作物学院，海口，570100

*通信作者,jqhuang@

摘要为了研究仙人掌科植物叶绿体基因组密码子使用模式，选择16种仙人掌科植物的叶绿体基因组进

行密码子偏好性分析，并且分析量天尺(Selenicereusundatus)的核基因组密码子偏好性，比较其与叶绿体基

因组的异同。使用CodonW1.4.2和EMBOSS在线软件对仙人掌科叶绿体基因组序列进行密码子分析，获得

有效密码子数、密码子GC含量和相对同义密码子使用度等参数，然后进行中性绘图分析、ENc-plot分析和

PR2-plot分析，进而获得最优密码子。结果表明，16种仙人掌科植物的平均有效密码子数为50.04，整体密码

子偏好性较弱。GC，与GCi2

影响大于碱基突变因素，且不同物种间变化较大。ENc-plot结果显示一部分基因的ENc值与预期值较近，一

部分基因落于预测曲线下方，表明密码子偏好性受碱基突变和自然选择等多种因素共同影响。PR2-plot分

析发现所有物种叶绿体密码子第三位存在