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第４２卷第１期海洋学研究Ｖｏｌ.４２Ｎｏ.１

２０２４年３月ＪＯＵＲＮＡＬＯＦＭＡＲＩＮＥＳＣＩＥＮＣＥＳＭａｒ.ꎬ２０２４

岳小岚ꎬ徐林ꎬ符格意ꎬ等.海洋赤杆菌科菌株的类胡萝卜素合成基因分析[Ｊ].海洋学研究ꎬ２０２４ꎬ４２(１):９１￣１０５.ＤＯＩ:１０.３９６９￣ｊ.

ｉｓｓｎ.１００１￣９０９Ｘ.２０２４.０１.００９.

ＹＵＥＸＬꎬＸＵＬꎬＦＵＧＹꎬｅｔａｌ.ＩｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎｏｆｃａｒｏｔｅｎｏｉｄｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓｇｅｎｅｓｉｎｍａｒｉｎｅＥｒｙｔｈｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅｓｔｒａｉｎｓ[Ｊ].Ｊｏｕｒｎａｌｏｆ

ＭａｒｉｎｅＳｃｉｅｎｃｅｓꎬ２０２４ꎬ４２(１):９１￣１０５.ＤＯＩ:１０.３９６９￣ｊ.ｉｓｓｎ.１００１￣９０９Ｘ.２０２４.０１.００９.

海洋赤杆菌科菌株的类胡萝卜素合成基因分析

１ꎬ２２ꎬ３２∗２

岳小岚ꎬ徐林ꎬ符格意ꎬ许学伟

(１.上海交通大学海洋学院ꎬ上海２００２４０ꎻ２.自然资源部第二海洋研究所ꎬ自然资源部海洋生态系统

动力学重点实验室ꎬ浙江杭州３１００１２ꎻ３.浙江理工大学生命科学与医药学院ꎬ浙江杭州３１００１８)

摘要:赤杆菌科(Ｅｒｙｔｈｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ)菌株广泛分布于海洋环境ꎬ可合成类胡萝卜素等多种色素ꎮ类

胡萝卜素具有光保护和抗氧化能力ꎬ对于赤杆菌科菌株适应海洋生态系统具有重要作用ꎮ本研究收

集了１０７个海洋来源的赤杆菌科细菌基因组ꎬ分析了类胡萝卜素合成途径中关键酶的编码基因

ｃｒｔＥＢＩＧＹＺＷ在基因组中的分布特征ꎬ构建了基于氨基酸序列的不同编码基因系统发育树ꎬ阐明了深海

和浅海来源的赤杆菌科菌株中类胡萝卜素合成基因的存在和分布规律ꎬ探究了不同的类胡萝卜素合

成基因在近海与深海来源的赤杆菌科菌株进化过程中的遗传模式ꎮ研究结果显示ꎬ海洋来源的赤杆

菌科菌株均含有ｃｒｔＥＩＧＺ基因ꎬ约９８.１％的菌株含有ｃｒｔＢＹ基因ꎬ约４３.９％的菌株中存在ｃｒｔＷ基因ꎬ其

类胡萝卜素合成基因在菌株间存在分布差异ꎬ但在深海与浅海来源上并未显示特异性ꎮ此外ꎬ通过比

较不同编码基因的系统发育树拓扑结构发现ꎬ赤杆菌科菌株的类胡萝卜素合成基因ｃｒｔＢＹＺＷ与系统

发育密切相关ꎬ而ｃｒｔＥＩＧ基因多通过水平基因转移获得ꎬ这有助于更好地评估类胡萝卜素合成基因家

族在赤杆菌科中的进化ꎬ也为其他海洋细菌中的类胡萝卜素合成途径及基因研究提供科学依据ꎬ从而

有助于开发海洋来源的产类胡萝卜素菌株ꎮ

关键词:赤杆菌科ꎻ海洋ꎻ类胡萝卜素合成基因ꎻ系统发育ꎻ进化

中图分类号:Ｑ９３９文献标志码:Ａ文章编号:１００１￣９０９Ｘ(２０２４)０１￣００９１￣１５

ＤＯＩ:１０.３９６９∕ｊ.ｉｓｓｎ.１００１￣９０９Ｘ.２０２４.０１.００９

洋蓝藻垫、潮滩、红树林沉积物、热泉、深海沉积物和

０引言

海洋无脊椎动物等不同生境中分离得到该科菌

[１￣３]

赤杆菌科(Ｅｒｙｔｈｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ)细菌隶属于α￣变形株ꎮ因其营好氧异养生长ꎬ且具光合作用功能ꎬ

杆菌纲(Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ)、鞘氨醇单胞菌目(Ｓｐｈｉｎ￣被视为好氧不产氧光合异养菌(ａｅｒｏｂｉｃａｎｏｘｙｇｅｎｉｃ

ｇｏｍｏｎａｄａｌｅｓ)ꎬ包含了１９个具有有效发表名称的属ｐｈｏｔｏｔｒｏｐｈｉｃｂａｃｔｅｒｉａꎬＡＡＰＢ)ꎬ在全球海洋碳循环和能

(ｈｔｔｐｓ:∕∕ｌｐｓｎ.ｄｓｍｚ.ｄｅ∕ｆａｍｉｌｙ∕ｅｒｙｔｈｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ)ꎮ赤量流动过程中发挥着重要作用ꎮ赤杆菌科