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大规模低深度测序数据赋能全基因组关联研究：方法、应用与展望

一、引言

1.1研究背景与意义

在生命科学领域，对基因奥秘的探索始终是核心议题之一。全基因组关联研究（Genome-WideAssociationStudy，GWAS）作为一种强大的遗传学研究方法，旨在通过对大量个体的全基因组进行扫描，寻找遗传变异与特定性状或疾病之间的关联，自2005年首次发表GWAS研究以来，其在复杂疾病和性状遗传机制研究中发挥了关键作用，已成为遗传学和医学研究的重要工具。GWAS通常涉及大规模的样本量，借助高通量基因分型技术对成千上万的遗传标记进行检测，这些标记包括单核苷酸多态性（SNPs）、插入缺失变异（InDels）和其他类型的遗传变异。通过比较病例组和对照组中遗传标记的频率差异，研究者能够确定哪些遗传变异可能与特定疾病或表型相关。在心血管疾病、癌症、糖尿病、精神疾病等多种复杂疾病的遗传易感性研究方面，GWAS都取得了显著进展。一项针对乳腺癌的大规模GWAS研究发现了一系列新的遗传变异，这些变异增加了女性患乳腺癌的风险。在复杂性状研究中，如身高、体重、血脂水平等方面，GWAS也成功发现了许多遗传关联。

然而，传统的GWAS研究在实际应用中面临着一些挑战，其中测序成本是一个重要限制因素。全基因组重测序虽然理论上能检测基因组范围的所有变异位点，但测序成本高昂，这使得