微生物新大纲.docVIP

附件一

“微生物组学研究及后期数据分析”培训班课程内容

一、微生物学研究方法进展及新方法发展趋势

1微生物学研究方法进展及新方法发展趋势

1.1传统分离培养法;BIOLOG鉴定技术;磷酸脂肪酸（PLFA）技术

1.2PCR扩增技术;DGGE技术;末端限制性片段多态性分析技术(T-RFLP)

1.3荧光原位杂交技术(FISH);基因芯片技术;克隆文库技术

1.4高通量测序技术;单细胞测序技术

二、微生物基因组学数据分析流程和结果展示

2微生物基因组学数据分析流程

2.1原始数据评估（fastq格式、fastqc质控：低质量；PCR重复；接头序列解读）

2.2基因组拼接、画图（拼接原理、主要输出结果：contigs;scaffolds、图形展示：CGview,OGDRAW等）

2.3功能注释（KEGG代谢富集分析、COG功能分析、islandviewer基因组岛预测、CARD/resfinder耐药基因预测等）

2.4进化树分析（blast配对比对、clustalw多序列比对、MEGA进化树构建、evolview进化树注释）

2.5多菌株泛基因组分析(PanGP泛基因组绘图)

三、微生物转录组学数据分析流程和结果展示

3微生物转录组学数据分析流程

3.1转录组学实验设计、研究思路及SCI论文撰写思路

mRNA提取，cDNA合成