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生成式基因组大模型DNA序列设计突破性进展

摘要

生成式人工智能，特别是大型语言模型的革命性进展，正被成功迁移至基因组学领域，催生出能够理解、生成和设计DNA序列的“生成式基因组大模型”。这些模型通过对海量基因组数据进行自监督预训练，学习到了生命遗传语言的深层语法、语义和功能编码规则，实现了从被动“读取”基因组到主动“编写”基因组的范式跃迁。本报告深度剖析了生成式基因组大模型在DNA序列设计方面的突破性进展。在技术层面，以Transformer架构为基础，结合对DNA序列的字符化或k-mer分词表示，并引入蛋白质结构、表观遗传等多模态信息的模型，展现出了强大的序列生成、功能预测和优化能力。在应用层面，模型在蛋白质编码基因的从头设计、非编码调控元件的理性构建、合成生物学元器件的功能优化以及基因组尺度代谢网络的设计中展现出巨大潜力，极大加速了合成生物学、基因治疗和生物制造等领域的创新进程。这些突破不仅提供了强大的工程化工具，更深化了我们对“序列-结构-功能”关系的理解，标志着生物技术正进入一个可预测、可编程的“设计生物学”新时代。然而，模型的可解释性、生成序列的体内验证效率、以及潜在的生物安全与伦理风险，仍是未来需要重点关注和解决的挑战。

关键词

生成式人工智能；基因组大模型；DNA序列设计；合成生物学；设计生物学

第一章范式跃迁：从基因组“读取”到“编写”与“设计”

生命科学的历程