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基于几何深度学习的蛋白质-配体亲和预测结题报告

一、研究背景与问题提出

蛋白质-配体亲和性是指蛋白质与小分子配体（如药物分子）之间结合的强度，是药物研发、分子生物学研究中的核心参数之一。准确预测这一参数，能够极大地加速药物候选分子的筛选过程，降低研发成本，缩短研发周期。传统的实验测定方法，如等温滴定量热法（ITC）、表面等离子体共振（SPR）等，虽然精度较高，但存在操作复杂、耗时久、成本高昂等问题，难以满足大规模分子筛选的需求。

随着计算机技术的发展，计算生物学领域涌现出多种蛋白质-配体亲和预测方法。早期的定量构效关系（QSAR）模型，通过提取配体的二维结构特征建立预测模型，但这类方法忽略了蛋白质与配体之间的三维相互作用，预测精度有限。分子对接技术则能够模拟蛋白质与配体的结合过程，预测结合模式与亲和力，但该方法依赖于蛋白质的三维结构，且计算复杂度较高，在处理大规模数据集时效率低下。

近年来，深度学习技术在生物信息学领域得到广泛应用，为蛋白质-配体亲和预测带来了新的机遇。传统的深度学习方法，如卷积神经网络（CNN）、循环神经网络（RNN）等，在处理序列数据和网格数据方面取得了一定成果，但蛋白质和配体的结构本质上是不规则的三维几何结构，传统深度学习方法难以有效捕捉其空间几何特征。几何深度学习作为深度学习的一个新兴分支，专门针对非欧几里得数据（如点云、图结构等）进行建模，能够更好地处理蛋