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2025年生物信息学原理与应用手册

第1章基因组结构与测序技术原理

1.1DNA双螺旋结构与碱基配对规则

DNA双螺旋结构由两条反向平行的多核苷酸链围绕同一轴心盘绕而成，形成右手螺旋结构，其直径约为2nm，螺距为3.4nm，每圈包含10个碱基对。构成双螺旋骨架的是磷酸和脱氧核糖交替连接形成的糖-磷酸骨架，外侧暴露；两条链内部的碱基通过氢键互补配对，遵循Chargaff规则（A=T,G=C）。

碱基配对规则中，腺嘌呤（A）总是与胸腺嘧啶（T）通过两个氢键连接，而鸟嘌呤（G）总是与胞嘧啶（C）通过三个氢键连接，形成稳定的双螺旋结构。DNA的碱基组成比例在不同物种间存在差异，人类基因组中A、T、G、C的摩尔比例约为30.9%、29.8%、20.0%和19.3%，这直接决定了双螺旋中氢键的数量分布。双螺旋结构不仅决定了遗传信息的存储方式，还影响了DNA在细胞内的稳定性，例如DNA双链断裂（DSB）的修复机制正是基于双螺旋结构的局部解旋与重组。

在生物信息学分析中，理解双螺旋结构是进行序列比对（Alignment）的基础，算法必须能够识别互补序列并计算最小化氢键数量的最佳匹配路径。

1.2高通量测序技术原理与分类

高通量测序技术是指能够以极高速度产生大量短读长序列数据的测序方法，主要分为Illumina第二代测序、Pa