edgeR软件包：数字基因表达数据分析工具.pdfVIP

edgeR包介绍

顺，DavisMcCarthy，AaronLun，，

MarkRobinson，GordonK.Smyth

修订

于

edgeR是一个用于数字表达数据分析的软件包，即来自技术的计

数数据。它特别适用于RNA‑Seq或SAGE数据的差异表达分析，或ChIP‑Seq数据

的差异标记分析。

edgeR实现了基于负二项分布作为计数变异模型的新统计方法，包括经验贝叶

斯方法、精确检验和广义线性模型。该软件包特别适合分析具有多个实验因素但可能

样本量较小的设计实验。它具有在小样本中建模转录本特异性变异的独特能力，这对

于优先考虑在重复样本中具有一致效应的或转录本至关重要。

完整的edgeR用户指南作为文档的一部分。要用户指南，请安装

edgeR包并将其加载到R会话中，使用命令library(edgeR)。在Window