edgeR包：数字基因表达数据分析工具.pdfVIP

edgeR包介绍

顺，DavisMcCarthy，AaronLun，周小贝，

MarkRobinson，GordonK.Smyth

修订

于

edgeR是一个用于数字表达数据分析的软件包，特别是来自技术

的计数数据。它特别适用于RNA‑Seq或SAGE数据的差异表达分析，或

ChIP‑Seq数据的差异标记分析。

edgeR实现了基于负二项分布作为计数变异模型的新统计方法，包括经验贝叶

斯方法、精确检验和广义线性模型。该软件包特别适合分析具有多个实验因素但可能

重复次数较少的设计实验。它具有在小样本中建模转录本特异性变异的独特能力，这

对于优先考虑在重复中具有一致效应的或转录本至关重要。

完整的edgeR用户指南可作为文档的一部分获取。要用户指南，请安

装edgeR包并使用library(edgeR)将其加载到R会话中。在Windows版本的R

中，用户指南将从名为“Vignettes