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生物信息学初步?序列比对+期中复习

一、序列比对基础概念

1.什么是序列比对

将两条/多条核酸（DNA/RNA）或者蛋白质氨基酸序列，按照碱基/氨基酸位置对齐，找出序列之间的相似区域、保守位点、插入缺失，判断同源关系。

同源(homology)：来自共同祖先；相似是观测结果，同源是进化推论。

相似性(similarity)：序列之间匹配程度，可量化。

一致性(identity)：对应位置字符完全一样。

空位(gap，?)：代表插入/缺失（indel）。

2.比对分类

按序列数量

双序列比对pairwise：两条序列

多序列比对MSA：3条及以上，找保守结构域

按比对范围

全局比对Global：从头到尾完整比对整条序列，适合长度接近、整体同源。代表算法：Needleman?Wunsch

局部比对Local：只找相似度最高片段，适合序列长短差异大、只有部分区域同源。代表算法：Smith?Waterman

?期中高频考点：全局vs局部对比

|项目|全局比对Needleman?Wunsch|局部比对Smith?Waterman|

|---|---|---|

|比对范围|整条序列全部对齐|只找最优相似片段|

|矩阵初始化|第一行第一列持续扣空位罚分|第一行第一列全部置0|

|回溯起点|矩阵右下角终点|