DESeq参数化离散拟合下方差稳定变换.pdfVIP

DESeq的方差稳定变换

参数化离散拟合

此文件描述了当使用参数化离散估计时，DESeq所使用的方差稳定变换（VST）。

这是一个Mathematica笔记本。文件vst.pdf是从vst.nb生成的。

当使用estimateDispersions与fitType=parametric时，我们参数化均值Μ和离散度Α之间的关系。

有两个常数a和a如下：

01

Α=a+a•Μ

01

a1

a+

0

Μ

在该包中，a被称为渐近离散度，而a被称为超泊松因子。

01

因此方差为

v=Μ+ΑΜ2••Expand

2

Μ+Μa+Μa

01

方差稳定变换（VST）是一种变换u，使得如果X是一个具有均值‑方