PDB数据库详细解读与核心功能探析.pptVIP

PDB数据库介绍第1页

生物数据库的种类第2页

生物数据库的种类序列数据库核酸序列数据库(EMBL、GenBank、DDBJ)常用蛋白质序列数据库(Swissprot,PIR)结构数据库蛋白质结构数据库(PDB)蛋白质分类数据库(SCOP、CATH)其它数据库第3页

ProteinDataBank蛋白质结构数据库

://.rcsb./pdb/home/home.do第4页

一、基本概况美国Brookhaven试验室1971年建立的大分子结构数据库,PDB蛋白质晶体结构资料数据库(ProteinDateBank)。PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合伙组织(ResearchCollaborationforStructuralBioinformatics,RCSB)负责。第5页

1、数据来源主要通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振，电子显微镜方法等）测定的生物大分子的三维结构。主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。信息原子的空间坐标、引用文件、形成α-helix和β-sheet的氨基酸序列、双硫键连结模式、与蛋白质结合的ligand、参与生化功能的residue等。

第6页

2、数据结构结构统计名称、参照文件、序列、一