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基于几何深度学习的蛋白质结合位点预测结题报告

一、研究背景与问题提出

蛋白质是生命活动的主要执行者，其功能的发挥往往依赖于与其他分子（如配体、核酸、离子等）的特异性结合，而这种结合的关键位点被称为蛋白质结合位点。精准预测蛋白质结合位点，对于药物分子设计、蛋白质功能注释以及疾病机制研究具有至关重要的意义。传统的结合位点预测方法主要基于序列保守性、物理化学性质以及结构比对等，然而这些方法在处理复杂蛋白质结构、动态构象变化以及新型结合模式时存在明显局限性。

随着结构生物学的发展，尤其是冷冻电镜技术的突破，大量高精度的蛋白质三维结构被解析，为从几何角度挖掘蛋白质结构信息提供了数据基础。几何深度学习作为人工智能领域的新兴方向，能够直接处理非欧几里得空间数据，如蛋白质的三维结构，通过学习原子间的空间关系和几何特征，为蛋白质结合位点预测带来了新的解决方案。本研究旨在构建基于几何深度学习的蛋白质结合位点预测模型，突破传统方法的瓶颈，提升预测精度和泛化能力。

二、数据集构建与预处理

（一）数据集收集

本研究选取了多个公开数据库中的蛋白质结构数据，包括ProteinDataBank（PDB）、UniProt等，同时结合了专门的结合位点标注数据库如sc-PDB、BindingMOAD等。为保证数据的质量和多样性，我们制定了严格的数据筛选标准：

蛋白质结构分辨率不低于2.5?，确保结构的准确性；

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