基于FASTQ与Velvet基因组组装分析流程.pdfVIP

table{border‑collapse:

合并;

}

table,

th,

td

{

border:

1px

实线

#000;

}

1

FASTQ文件生成

每个样本的FASTQ文件通过将索引读数与样本表中的索引匹配生成，随后以gzip压缩格

式保存。FASTQ文件仅包含通过过滤（PF）的读数及其碱基识别质量评分。

•FASTQ文件被写入Data目录下的MiSeqAnalysis文件夹，然后到MiSeqOutput文件

夹。

•文件名—samplename_sample#_lane#_read#_001.fastq.gz。

•每次分析时，FASTQ文件都会被覆盖。

•通过随机下采样生成Assemble_N_Rx.fastq.gz文件，其中N为样本编号，x为读数编号，该文件

包含组装过程中使用的读数。

FASTQ是一种基于文本的文件格式，每条读数包含四行：标识符、序列、加号(+)以及ASCII格式的质

量评分。b

FASTQ文件标识符格式：@Instrument:RunID:FlowCellID:Lane:Tile:X:Y

ReadNum:FilterFlag:0:SampleNumber

2

组装

•通过随机采样获取最多550

Mbp的总序列数据用于组装。

•通过Velvet软件执行组装过程，该过程采用de