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基于对比学习的分子构象生成研究综述

分子构象是分子在三维空间中的原子排布形态，直接决定分子的物理化学性质与生物活性，是药物研发、材料科学、催化化学等领域的核心研究对象。传统构象搜索方法如分子动力学模拟、基于规则的构象生成器等受限于计算成本高、高自由度分子采样效率低等问题，难以满足大规模分子库筛选的需求。近年来，深度学习技术为分子构象生成提供了全新范式，其中对比学习凭借其在表征学习领域的优势，通过构建正/负样本对挖掘构象空间的内在约束，有效提升了生成模型的稳定性与构象质量，逐渐成为该领域的研究热点。

一、分子构象生成的核心挑战与对比学习的适配性

分子构象生成的本质是在三维欧氏空间中搜索满足分子几何约束（键长、键角、二面角限制）与能量最低原则的原子坐标集合，其核心挑战可归纳为三点：第一，构象空间的高维稀疏性，一个包含N个原子的分子构象自由度可达3N-6，有效构象仅占整个空间的极小部分，模型容易陷入局部最优或生成无效结构；第二，生成结果的等变性要求，即构象的物理化学性质不应随分子整体的平移、旋转发生改变，普通神经网络难以直接建模这种几何对称性；第三，构象分布的多模态特性，一个分子往往存在多个能量相近的稳定构象，模型需要覆盖所有可能的低能构象簇，避免模式坍塌。

对比学习的核心思想是通过构造语义一致的正样本对与语义差异的负样本对，引导模型学习到“同类样本表征相近、异类样本表征相异”的特征空间