多序列比对与Clustal的使用及PHYLIP软件构建系统发生树-《生物信息学》教学课件PPT教案.pdfVIP

多序列比对与Clustal的使用及

PHYLIP软件构建系统发生树

进化树（Phylogenetictree）

分析

对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤

1Toalignsequences，要对所分析的多序列目标进行排列；

常用的软件：CLUSTALX和CLUSTALW。

2Toreconstrutphyligenetictree，构建一个进化树；

3对进化树进行评估。主要采用Bootstraping法。

一、序列相似性比较和

序列同源性分析

序列相似性比较：

就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，

用于定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似

的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列

比较算法。常用的程序包BLAST、FASTA等；

序列同源性分析：

是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物

种的序列中进行多序列同时比