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基于图注意力的分子对接预测结题报告

一、研究背景与问题提出

分子对接是药物研发领域的核心技术之一，其通过模拟小分子化合物与生物大分子靶点之间的相互作用，预测两者的结合模式与亲和力，从而快速筛选出具有潜在活性的化合物，大幅缩短药物研发周期、降低研发成本。传统分子对接方法主要基于分子力场与能量优化算法，如AutoDock、Glide等，虽在一定程度上能满足基础研发需求，但仍存在诸多局限性。

首先，传统方法对分子构象空间的采样效率较低。生物大分子与小分子的结合过程涉及复杂的构象变化，包括侧链旋转、环系翻转等，传统算法往往只能在局部极小值区域进行搜索，难以覆盖全局最优构象，导致对接结果的准确性受限。其次，传统方法对分子间非共价相互作用的刻画不够精准。氢键、疏水作用、π-π堆积等弱相互作用是决定分子结合亲和力的关键因素，但传统力场对这些相互作用的参数化依赖于实验数据，难以适应结构新颖的靶点与化合物。此外，传统分子对接方法的计算成本较高，尤其是在处理大规模化合物库虚拟筛选时，往往需要消耗大量的计算资源与时间，难以满足高通量筛选的需求。

随着人工智能技术的快速发展，基于深度学习的分子对接方法逐渐成为研究热点。图神经网络（GNN）作为一种专门处理图结构数据的深度学习模型，能够有效捕捉分子的拓扑结构与原子间的相互作用，为分子对接预测提供了新的思路。图注意力网络（GAT）作为GNN的重要变体，通过引入