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基于图生成模型的药物设计结题报告

一、研究背景与问题提出

在药物研发领域，传统的药物发现模式往往依赖于大规模的化合物筛选和反复的实验验证，这一过程不仅耗时长久，通常需要10到15年的时间，而且成本高昂，平均每款新药的研发成本超过26亿美元。随着人类对疾病分子机制的深入理解以及计算技术的飞速发展，基于结构的药物设计（SBDD）和基于配体的药物设计（LBDD）等计算机辅助药物设计（CADD）方法逐渐成为药物研发的重要手段。然而，这些方法仍然存在一定的局限性，例如SBDD需要精确的靶点三维结构，而LBDD则依赖于大量已知的活性配体。

近年来，人工智能技术在药物研发中的应用取得了显著进展，其中图生成模型作为一种能够处理非结构化数据的深度学习方法，为药物设计带来了新的思路。图生成模型可以将化合物表示为图结构，其中原子作为节点，化学键作为边，通过学习图的生成规则来设计新的化合物。与传统的药物设计方法相比，图生成模型具有以下优势：首先，它能够自动学习化合物的结构-活性关系（SAR），无需手动提取特征；其次，它可以生成具有新颖结构的化合物，从而扩大药物筛选的化学空间；最后，它能够高效地生成大量的候选化合物，大大缩短药物研发的周期。

然而，目前基于图生成模型的药物设计仍然面临着一些挑战。例如，如何确保生成的化合物具有良好的成药性，包括药物动力学性质、毒性等；如何提高生成模型的可解释性，以便研究人员理