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基于图神经网络的分子对接预测结题报告

一、研究背景与问题提出

分子对接是药物研发领域的核心技术之一，其通过模拟小分子化合物与生物大分子靶点之间的相互作用，预测两者的结合模式与亲和力，从而快速筛选出具有潜在活性的候选药物。传统的分子对接方法主要基于分子力学与量子化学计算，虽然在一定程度上能够反映分子间的相互作用，但存在计算成本高、效率低、对复杂体系预测精度不足等问题。随着药物研发进入大数据时代，海量的化合物库与靶点结构数据不断积累，传统方法已难以满足高通量药物筛选的需求。

近年来，人工智能技术在药物研发领域的应用取得了突破性进展，其中图神经网络（GraphNeuralNetworks,GNNs）凭借其对非结构化数据的强大建模能力，为分子对接预测提供了新的解决方案。分子与生物大分子均具有天然的图结构特征：原子可视为图中的节点，化学键则对应节点间的边，而分子间的相互作用可通过图与图之间的匹配关系来描述。基于这一特性，利用图神经网络对分子与靶点的结构信息进行编码，进而预测其结合模式与亲和力，有望大幅提高分子对接的效率与精度。

然而，当前基于图神经网络的分子对接预测研究仍面临诸多挑战。首先，分子与靶点的三维结构信息复杂且动态变化，如何有效提取并编码这些高维结构特征是关键难题。其次，分子间的相互作用涉及多种弱相互作用力（如氢键、范德华力、疏水作用等），现有模型难以全面且精准地模拟这些作用