（共50页PPT）分子动力学模拟的基本步骤.pptVIP

分布函数P(Q)如果分子动力学运行Nstep步，那么它在相空间采样Nstep个点,其中P(Q)是这Nstep个采样点在区间Q+dQ中出现的概率。其中Q可以是能量或其它你感兴趣的物理量。可以从比较少的采样中获得系统的有用信息。第六节平衡态分子动力学模拟在经典分子动力学模拟方法的应用当中，存在着对两种系统状态的分子动力学模拟。一种是对平衡态的MD模拟；另一类是对非平衡态的MD模拟。对平衡态系综分子动力学模拟又可以分为如下类型：微正则系综的分子动力学(N,V,E）模拟正则系综的分子动力学（N,V,T）模拟等系综分子动力学(N,P,T)模拟等焓等压系综分子动力学(N,P,H)模拟巨正则系综分子动力学(V,T,μ)模拟这里仅对平衡态的分子动力学方法中几类模拟做介绍系综系综(ensemble)是指在一定的宏观条件下(约束条件)，大量性质和结构完全相同的、处于各种运动状态的、各自独立的系统的集合。全称为统计系综。系综是用统计方法描述热力学系统的统计规律性时引入的一个基本概念；系综是统计理论的一种表述方式，系综理论使统计物理成为普遍的微观统计理论；系综并不是实际的物体，构成系综的系统才是实际物体。约束条件是由一组外加宏观参量来表示。在平衡统计力学范畴下，可以用来处理稳定系综。第四节势函数分子动力学模拟的核心问题是求解牛顿运动方程组，