杆状病毒系统发育研究.doc

杆状病毒系统发育研究# 孙兴强，邓日强，王瑾雯，王珣章** （中山大学生命科学学院，广州 510275）  5 10 15 20 25 30 35 40 45 摘要：杆状病毒(Baculovirus)是主要寄生于节肢动物的具有蛋白包膜包被的闭合双链环状 DNA 病毒，基因组大小为 80-180kb 之间。其宿主包括鳞翅目 (Lepidoptera)、膜翅目 (Hymenoptera)和双翅目(Diptera)的昆虫。本文利用基于单基因、多基因和全基因组水平上的 5 种方法对杆状病毒分进行系统发育树构建，并比较这些系统树的差别。首先，根据 31 个 核心基因构建 31 棵单基因系统发育树，并综合这 31 棵系统树对其进行一致性分析。然后， 根据 31 个核心基因的多序列比对结果，进行基因拼接并进行系统发育分析。接着，基于组 分矢量法(CVtree)对杆状病毒全基因进行系统发育分析并利用主成分分析的结果将 54 株杆 状病毒展示在三维立体空间。与系统树相比，三维空间方式展示物种亲缘性，为我们提供了 另外的视野。最后，本文基于局部相似比对(GBDP)方法对杆状病毒全基因组进行系统发育 分析。另外，本文分别对 5 种系统发育树进行了比较并进行系统聚类分析。通过比较发现， 绝大多数的系统树赞同目前将杆状病毒科分成 4 个属，即 Alpha 杆状病毒属(以鳞翅目昆虫 为特异宿主的 NPV)，Beta 杆状病毒属(以鳞翅目昆虫为特异宿主的 GV)，Gamma 杆状病毒 属（以膜翅目昆虫为特异宿主的 NPV）以及 Delta 杆状病毒属（以双翅目昆虫为特异宿主的 NPV），并且 Alpha 杆状病毒属和 Beta 杆状病毒属都可以继续分为 GroupI 和 Group II。另 外本文对最新进行全基因测序且在 NCBI 标明未分类的杨扇舟蛾颗粒体病毒(Clostera anachoreta granulovirus，CaGV）进行了分类，确定 CaGV 为 Beta 杆状病毒属的 GroupII。 关键词：杆状病毒；系统发育；核心基因；全基因组 中图分类号：Q939.4 Phylogenetic analysis of Baculoviruses SUN Xingqiang, DENG Riqiang, WANG Jinwen, WANG Xunzhang (School of Life Science, Sun Yat-sen (Zhongshan) University, GuangZhou 510275) Abstract: Baculoviruses are mainly arthropod-specific viruses infecting insects of Lepidoptera, Hymenoptera, and Diptera, with double stranded circular DNA genomes of 80 to 180kbp. This paper constructed and compared baculoviruses phylogenetic trees with 5 different methods, which are based on a single gene, on multiple genes or on whole-genome sequence information. The representative trees by the five methods were then compared and analyzed by using hierarchical clustering. Most phylogenetic trees constructed by the above methods supported the current division of the family Baculoviridae into four genera, Alphabaculovirus (lepidopteran-specific baculoviruses), Betabaculovirus (lepidopteran-specific granulovirusa), Gammabaculovirus (hymenopteran-specific baculoviruses) and Deltabaculovirus (dipteran-specific baculoviruses). Both Alphabaculovirus and Betabaculovirus can be subdivided into two parts, Group I and Group