基因遗传学论文猪Mitf基因的比较基因组学和进化分析.docVIP

基因遗传学论文：猪Mitf基因的比较基因组学和进化分析 摘要:Mitf(Microphthalmia-associtated transcription factor)是小眼畸形相关转录因子，在黑色素细胞的发育、分化和功能调节上起着重要作用，同时还参与了其它3种细胞包括肥大细胞、破骨细胞和眼色素上皮细胞的发育和分化。针对猪的Mitf基因，从GenBank核酸数据库和proenseml网站下载4条猪的含有Mitf基因片段的基因组序列与牛、人、鼠3种物种的Mitf基因组序列进行比较基因组分析，结果发现，下载的猪Mitf基因组序列或没有排序，或存在一定错误排列。通过生物信息学和比较基因组分析，将猪Mitf基因的基因组序列进行重新组装，得到由6条有序基因组片段组成的较为完整的Mitf基因组序列，并根据人类Mitf基因的转录本信息推测出5种不同猪Mitf基因的转录本。进化分析表明，在人类、小鼠、猪、牛、马和狗中，猪和牛Mitf基因的进化关系最近，提示做猪基因的生物信息学分析可借鉴牛的基因分析结果。 关键词:猪 小眼畸形 相关转录 因子 电子重排 比较基因组学 小眼畸形首先发现于突变小鼠。1942年Hertwig发现一种放射诱变的突变小鼠，其表现为小眼畸形，眼裂减小，早发性耳聋，皮毛和视网膜的色素减退。其相关的突变位点被称为mi位点［1］，之后，在这个位点上发现多个等位变异［2］。1993年，小鼠的小眼畸形相关转录因子(Microphthalmia-associtated tran-scription factor，Mitf)基因被克隆，证实小鼠Mitf基因位于mi位点上，在mi位点上的突变与其Mitf基因的缺陷有关，也就是说，该基因发生突变会引起相关可见的表型变化［3］。Mitf蛋白属于Tfe转录因子超级家族的成员，具有典型的基本螺旋-环-螺旋亮氨酸拉链(basic helix-loop-helix leucine zipper，bHLH-Zip)结构［3］。Mitf蛋白能够形成同源二聚体或与Tfe3、TfeB、TfeC形成异源二聚体，从而结合以“CANNTG”为核心的E-盒或M-盒序列，起到调控目标基因转录表达的作用［4］。在小鼠的眼发育形成过程中，如果Mitf丧失了正常功能，将导致眼裂减小，或导致成年时的小眼畸形。另外，在神经嵴细胞定向分化发育成黑色素细胞过程中，Mitf参与了其分化，Mitf突变将导致皮肤着色的改变［5，6］。 人类的Mitf基因突变会引起Waardenburg 2A型综合症和Tietz综合症，两者均为常染色体显性遗传疾病，表现为皮肤色素减退、虹膜色素异常和听觉神经性耳聋等症状［7，8］。小鼠的Mitf基因定位于6号染色体的6qD3上，基因组全长约为211.7 kb;人类的Mitf基因定位于3号染色体的3p14.1上，基因组全长约为228.9kb。它们均由9－10个外显子构成，而且都存在多个不同转录本［9］。NCBI的GenBank中，小鼠至少有9种不同的Mitf转录本:Mitf-A，-A1，-A2，-H，-H1，-H2，-H3，-M和-M1，编码的Mitf蛋白其氨基酸长度从349 aa变化到526 aa;人类也存在10种不同的MITF转录本:Mitf-A1，-A2，-B1，-B2，-C1，-C2，-H1，-H2，-M1和-M2，编码的Mitf蛋白其氨基酸长度从413 aa变化到526 aa。在这些不同转录本中，外显子2－9或3－10都同源。从NCBI的GenBank和proenseml网站上下载了含有猪Mitf基因的基因组序列，通过比对发现，上述数据库的基因组序列存在一定颠倒错误排列。本研究通过比较基因组学分析，将猪Mitf基因的基因组序列进行了电子重排，并对其进行了生物信息学的验证和进化分析，为猪的Mitf基因的分离和功能分析以及猪相关毛色基因的遗传学和进化分析提供参考。 1材料和方法 1.1数据下载进入NCBI网站，选择“Nucleotide”搜索，键入“pig mitf”，获得猪的Mitf基因的cDNA序列(Gen-Bank登录号:NM_001038001)。然后进入blast网页，选择“High throughput genomic sequences(HTGS)”数据库，进行核酸序列的比对，获得3段含有猪Mitf基因的基因组序列(登录号分别为CU896681.1、AC140098.2和CU469275.2)。登陆pre．ensembl．org/Sus_scrofa/网址，点击“Blast/Blat”，进入该网站的序列比对界面，输入人类Mitf基因的基因组序列的5端的25 kb序列，默认状态进行Blat比对，确定猪Mitf基因在基因组上的位置，然后将含有Mitf基因的基因组片段(240kb)下载下来，