网格并行计算平台MPICH-G2在计算流体力学中的应用.pdfVIP

网格并行计算平台M P I C H - G 2 在计算流体力学中的应用φ 满杰 许少颖 吴锤结∗ 解放军理工大学理学院流体力学研究中心, 南京, 211101 摘要：本文主要介绍网格并行计算平台MPICH-G2在计算流体力学中的应用.在局域网中实现网格并行计算 平台MPICH-G2结合Globus 和Sun Grid Engine,加深理解网格计算概念,以及在此基础上,运行计算流体力学的 具体算例- sola.为进一步研究了其通信机制以及其它的相关问题打下良好的基础. 关键词: MPICH-G2 , Globus , Sun Grid Engine , sola 1. 引言 本文的研究内容主要是网格并行计算平台 MPICH-G2 的研究及实现具体计算流体力学算例. 我们的平台架构在 Globus 上,将 MPI 程序利用 MPICH-G2 的编译后,在经由 Globus 将分散在各 个地方的电脑或集群联系起来,在再由 Sun Grid Engine 自动将工作分散给集群下的每个执行节 点( Execution Node ).如此,就能有效的运用每个 CPU 达到有效运用系统资源的目标.而后,我们在 此平台上,运行了 sola 程序,它是一个基于 MPI 的区域分解法来求解Navier-Stokes 方程.最后在以 后的工作中将重点分析 MPICH-G2 的通信机制,使之能更好的与计算流体力学结合. 2. MPICH- G2 概述 MPICH- G2 [1][3] 是一个基于网格的 MPI v 1.1 标准的实现.并加入了 MPI-2 标准中的客户机- 服务器管理功能,是一种被广泛应用的 MPI 实现.更具体地说, MPICH-G2 被构造成 MPICH 的网 格化进程管理和通信模块.这些模块采用了 Globus 工具集机制.克服了在异构多站点环境中的安 全,高效和透明执行程序所必需面对的困难,包括跨站点认证,处理多个具有不同特征的调度器的 需要,协调进程创建,异构通信结构,可执行的分段以及标准输出的整理.通过使用 Globus 的服务, MPICH-G2 允许耦合多台可能是不同体系结构的计算机,来运行 MPI 应用程序. 3. Globus 的网格并行计算平台中的作用 Globus 是网格中间件.在我们的系统中是通过 Globus 把单机和我们集群连接起来.用单机上 的Globus 的Certificate Authority( 以下简称CA)作主 CA,然后将其分发到集群的服务器上,这样, 就实现了单机和集群的认证关系,使得它们能够通信. [4] 下面简单的介绍一下平台的安装过程 : 1. 在单机上和集群服务器上分别安装Globus ,在CA安装之前的过程是一样的; 2. 我们用单机的CA作主CA ,然后将集群服务器下的usercert.pem 拷贝到单机上分发用户证书; 3. 剩下的Globus安装过程是一样的. 4. 然后在单机和服务器上分别安装MPICH- G2 ; 由此我们的网格并行计算平台就搭建完毕. 在下面的一节中, 将介绍平台中关于集群的管理软件Sun Grid Engine . y z φ解放军理工大学理学院流体力学研究中心与解放军理工大学军事网格中心合作项目 ∗ Email: cjwu@ 或 cj_wu@163.com 1 4. Sun Grid Engine 概述 4.1 什么是Sun Grid Engine Sun Grid Engine 简称 SGE [5] .它是管理计算机集群的一种资源管理软件, 它接受由用户提 交的作业,并根据资源管理策略将作业安排在网格内适当的系统上运行.用户可以一次提交数千 个作业,而不必考虑它们在何处运行.SGE 根据组织内技术人员和管理人员所设置的企业资源策