实验小型分子的构型优化一、实验目的三、实验原理.pdfVIP

实验 小型分子的构型优化 一、实验目的 1．学会使用 Gaussian 程序优化构型的方法。 2 ．学会使用密度泛函（DFT ）方法得到分子的最优化构型。 3 ．学会从计算的输出文件中找到分子的坐标、能量、频率、光谱等数据。 二、预习要求 明确实验目的、实验内容，熟悉实验操作步骤。 三、实验原理 构型优化是 Gaussian 程序的常用功能之一。构型优化过程是建立在能量计算基础之上 的，即寻找势能面上的能量极小值，而这个极小值，对应的就是分子的稳定的几何形态。对 于势能面上的所有的极小值和鞍点，其能量的一阶导数，也就是梯度，都是零，这样的点被 称为稳定点。所有的成功的优化都在寻找稳定点，虽然找到的并不一定就是所预期的点。几 何优化由初始构型开始，计算能量和梯度，然后决定下一步的方向和步长，其方向总是向能 量下降最快的方向进行。大多数的优化也计算能量的二阶导数，来修正力矩阵，从而表明在 该点的曲度。 1.构型优化过程说明： 初始构型 能量计算 计算能量梯度 否 各原子受力和位移 根据受力情况 大小是否满足标准 得到新的构型 是 输出最终结果 2.构型优化的输入： 确定初始构型的坐标，选定优化方法及基组，添加关键词 OPT 即可。 3.构型优化说明： (1) 要缩短构型优化时间，需尽可能给出较为准确的初始构型。 (2) 对于较大体系的构型优化，为了缩短机时，可采用分步优化的方法，即首先采用分子动 力学和半经验方法，然后再采用从头算或密度泛函等方法。开始用较小的基组，然后用较大 1 的基组。该方法尤其适合于初始构型不太确定的情形。 (3) 构型优化涉及到多变量的优化过程，其最终的结果受初始构型的影响较大，往往不能保 证所得的优化构型对应于能量极小点。为了保证得到的构型为稳定构型，通常需在构型优化 的基础上进行频率计算，若计算结果存在明显虚频，则得到的构型井非对应于能量极小点。 (4) 同时，频率分析可以用于多种目的,预测分子的红外和拉曼光谱(频率和强度) 、为几何优 化计算力矩阵、判断分子在势能面上的位置、计算零点能和热力学数据如系统的熵和焓。 四、计算机与软件 计算机所需软件为 Gaussian 公司的 Gaussian 程序及其相应的作图软件 GaussView 等。 计算机内存要求在 256M 以上，可以在PC 机或工作站上进行。 五、实验步骤 1.选定所要优化的分子（原子个数小于十个），猜测所要优化分子的初始构型，用 GaussView 构造体系的初始结构，得到初始构型的坐标。 以乙烯分子为例： (1) 开始运行 GaussView3.07，点击File 、New 、Create MolGroup，打开一个新的窗口，如下 图： 2 (2) 点击按钮 Carbon Tetrahedral，打开元素界面。 3 (3) 点击碳碳双键按钮，在下面蓝色窗口中点两下，建立一个乙烯分子。 4 (4) 点击 File 、Save，将所建立构型保存成.gjf 的输入文件。 2.选择密度泛函(B3LYP)方法和 6-31G 基组，添加关键词 OPT，编写 Gaussian 输入文件。 找到第一步所保存的.gjf 文件，将文件中的基组和方法改为密度泛函(B3LYP)方法和 6-31G 基组，添加关键词 OPT，完成输入文件。 5 3.用 Gaussian