16SrDNA测序与环境群落结构多样性研究.pdfVIP

16S rDNA测序与环境群落结构多样性研究 里程碑式工具 Miseq 随着读长增加 ，结合 paired-end测序及拼接技术的使用 ，Miseq测序仪已经成为 取代454测序的理想工具。诺禾致源竭诚为您提供 16S rDNA Miseq测序分析服务。 技术策略 我们的优势 1 结果更具权威性 　　美国Earth Microbiome Project已将该方法作为16S rDNA测序与环境群落结构多样性研究 [1] [2] [4] 的标准方法 ，已有多名权威学者的研究成果在ISME J、Cell和 Nature 等顶尖期刊上发表。 2 价格低 ，产出数据量多 　　以低于454的测序价格 ，提供远高于454的数据量(平均tags数目≥4万条)。更适用于大样本量 的研究 ，有利于微生物种类复杂环境的研究 ，更易于鉴定出低丰度微生物。 33 建建库库简简单单 ，，周周期期短短 　 采用更为简单的一步建库法 ，且 Miseq运行时间很短 ，在样本量较大的情况下 ，Miseq相对于454 测序周期大大缩短 ，满足客户短周期的需求。 4 数据产出均一性好 　　对每个样品的DNA量进行严格定量 ，提高了数据产出的均一性。而且由于样本平均数据量高 ，不会 出现个别样品因tags数量过少而不能使用的情况。 5 测序资源丰富 　　 公司目前拥有2台Miseq 测序仪 ，完全能够满足项目的正常运转。 北京诺禾致源生物信息科技有限公司 电话：010 地址：北京市海淀区学清路38号金码大厦B座21层 网址： Email：support@ 案例解析 案例 1 土壤微生物群落受玉米根系影响的研究[3] 本研究首先比较了不同高变区的测序分析结果 ，其中V4区（引物为515F-806R）的效果最佳 （与诺 禾致源使用的方法一致 ）。通过对不同区域土壤样品和是否存在玉米根系样品的土壤样品分别进行 PCoA分 析 ，发现玉米根系对土壤微生物种类的影响是最显著的影响因素。另外 ，也研究了土壤的物化特性和玉米的 遗传差异对土壤微生物的影响。 图1 16S rDNA不同扩增区域得到的 图2 正常土壤与根系附近土壤样品 微生物种类比较 微生物种类构成的PCoA分析 案例2 不同区域和年龄段人肠道微生物的比较[4] 本研究对 531个人粪便样本进行了16S rDNA测序 ，测序使用 Miseq，扩增区域为V4区。研究了地 域及年龄差异对人肠道微生物群落结构的影响。不同年龄段人肠道微生物有差异 ，且青年人的肠道微生物 构成与幼儿相比更接近成年人。另外 ，地域和营养也是影响人肠道微生物种类的因素。在人肠道微生物群 落结构的研究中 ，需要充分考虑这些影响因素。 图3 不同年龄段人肠道微生物群落构成差异 图4 不同地区成年人肠道微生物群落的PCoA分析 参考文献 1.Caporaso, et al. Ultra-high-throughput microbial community analysis on the Illumina HiSeq and MiSeq platforms. ISME J. 2012. 6 (8): 1621-1624. 2.Maurice, et al. Xenobiotics Shape the Physiology and Gene Expression of the Active Human Gut Microbiome.. Cell. 2013. 152(1): 39-50. 3.Peiffer, et al. Diversity and heritability of the maize rhizosphere microbiome under field conditions. PNAS. 2013. 110(16): 6548-6 553. 44..Yatsunenko, et al. Human gut microbiome viewed across age and ge