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亲水性结构修饰的聚氨酯材料表面与凝血
酶原的 GLA domain 相互作用的动力学
模拟
5
10
15
韦静1,李利1,2**
(1. 南京师范大学化学与材料科学学院,南京 210023;
2. 江苏省生物功能材料重点实验室,南京 210097)
摘要:如今,生物医用材料的研究发展十分迅速,但是作为医用材料的生物相容性评价只能
为我们提供宏观的具体现象,并不能为我们解释其分子层面上的机理。而分子模拟作为从理
论上研究复杂分子体系的最直接方法之一,特别适合用来模拟和解释蛋白质与材料表面相互
作用。本文使用分子模拟软件 Discovery Studio 2.1,在显性溶剂环境下,以人体血液中的凝
血酶原的 GLA domain 作为研究对象,对蛋白质(片段)与不同亲水性结构改性的聚氨酯材
料表面相互作用体系进行分子动力学模拟;同时,将单独的 GLA domain 体系的分子动力学
模拟作为 GLA domain 的自然状态,供其他 GLA domain 与材料表面相互作用体系进行对比。
通关计算得出相关分析数据(如均方根偏移、二面角变化、相互作用能等)的比较,可以得
出维持蛋白自然状态最佳的聚氨酯材料表面以及不同材料表面的性质与蛋白相互作用的关
系,为设计抗凝血效果更佳的生物材料提供理论依据。
关键词:分子动力学模拟;蛋白质—材料表面相互作用;显性溶剂环境;血液相容性
中图分类号:O631.3
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Molecular Dynamics Simulation of the Effect of Different
Hydrophilically Modified Polyurethane Surfaces on Native
Behavior of the Prothrombin GLA domain
Wei Jing1, Li Li1,2
25
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35
40
(1. College of Chemistry and Materials Science, Nanjing Normal University, NanNing 210023;
2. Jiangsu Engineering Research Center For Biomedical Function Materials, Nanjing Normal
University, NanJing 210097)
Abstract: Nowadays, biomedical materials research develops so quickly. However, the
experimental evaluation for material’s biocompatibility only can provide us with specific results,
and it can’t explain the clotting mechanism on the molecular level. As the most direct method of
theoretically investigating the behaviors of complex molecular systems, molecular modeling is
very suitable for the simulation and explanation of the protein-surface interactions. So we use the
molecular modeling software, Discovery Studio 2.1 for the following research. We choose the
GLA domain of prothrombin as research objects to simulate the system of protein and different
hydrophilic structure grafted polyurethane surface interactions in the explicit solvent model. In
addition, the system of undisturbed protein is simulated to represent the natural behavior due to
compared with other interaction systems. By comparing the relevant data (RMSD, the deformation
of dihedral angle and interaction ene
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