基于量子进化算法的RNA序列结构比对.pdfVIP

生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biop hys ics 2009, 36(9): 1222~1228 于量子进化算法的RNA 序列 结构比对 * 赵英杰 王正志 ( 防科技大学机电工程与自动化学院自动化所，长沙4 10073) 摘要 多序列比对是计算分子生物学的经典问题，也是许多生物学研究的重要基础步骤 RNA 作为生物大分子的一种，不 同于蛋白质和DNA ，其二级结构在进化过程中比初级序列更保守，因此要求在RNA 序列比对中不仅要考虑序列信息，更要 着重考虑二级结构信息 提出了一种基于量子进化算法的RNA 多序列- 结构比对程序，对RNA 序列进行了量子编码，设计 了考虑进结构信息的全交叉算子，提出了适合于进行RNA 序列- 结构比对的适应度函 ，克服了传统进化算法收敛速度慢 和早熟问题 在标准 据库上的测试，证实了方法的有效性 关键词 RNA